北町署に新たなキャリア署長が就任する日、署員は歓迎式の準備もあって浮ついていた。
同じころ、市民の乗ったバスが男にジャックされる。
しかし、男の持ち物から事前に犯行を察知していた遠山金志郎は犯人を説得し、
バスごと北町署に横づけさせて見事に事件を解決してしまう。
彼こそが、北町署の新署長だった――。

キャリアらしくない金志郎は、叩き上げの刑事・南洋三や、新人刑事の相川実里、
副署長の半田順二らに気軽に接する。
キャリアらしからぬ金志郎の振る舞いに戸惑う刑事たち。
昔の事件がきっかけでキャリアに対して反発心を抱くようになった南は、
金志郎が気に入らない。

そのころ南たちは、指名手配中の連続強盗殺人犯・谷口を追っていた。
谷口は現金1億円を持って逃走していた。刑事課にふらっとやってきた金志郎は、
被害通報件数No.1の落書きを捜査すべきだと提案する。
落書きを取り締まって治安が回復したという海外の例を持ち出し、
ついには刑事の勘で「落書きと手配犯が繋がる」と言い出す。
南は、現場への口出しは無用、と言って取り合わない。

制服を脱ぎ捨て普段着で街に出た金志郎は、勝手に落書きの捜査を始める。
といっても、単なる落書き消し。
手配犯の捜査から外され、金志郎の案内係を命じられた実里は不満を隠せない。
そんな中、街中の落書きにあるメッセージが隠されていることがわかり…。

北町署で、子どもたちを集めた署内見学会が行われた。
発案者はもちろん、署長の遠山金志郎だ。その案内係を命じられた実里は、
言うことを聞かない子どもたちに手を焼くばかり。
すると、その中のひとり・友樹が、「これでオオカミ男を捕まえられる？」といって
手錠を持ち出し、金志郎と南を手錠でつなぐと、何と手錠の鍵を飲み込んでしまう。
幸い友樹にケガはなかったが、鍵は自然に出てくるのを待つしかなく、
金志郎と南はしばらく手錠で繋がったままに…。

そんな騒動の中、金志郎は、女性の悲鳴が聞こえたという通報に目を止める。
金志郎は、通報者の女性を北町署に呼んで話を聞いた。
その女性によれば、悲鳴は友樹の家でもある大鳥家から聞こえてきたのだという。
友樹の母・真理恵に会い、彼女が夫からDVを受けているのではないかと疑う実里。

実はそのころ、南たちは、
駅前のマンションで会社社長の愛人が殺害された事件を追っており、
社長の弁護士を務める友樹の父親・敦彦から証言を得ようとしていた。
敦彦にDV疑惑があることを知った南は、
いま彼ともめ事を起こすわけにはいかない、と言うと、
被害届も出ていない以上何もできないと主張する。
「どうしてあげたいですか？」と金志郎から問いかけられた実里は、
真理恵の元を訪れるが…。

金志郎がオープンカフェの前で知り合った城山が、自宅で倒れ病院に緊急搬送された。
城山はひとり暮らしの高齢者で、車椅子生活を送っていた。
署長室を抜け出した金志郎は、刑事課の南や実里を追って搬送先の病院を訪れる。
するとそこに、城山が利用していた介護施設で働く女性・奥田百合子が
知らせを聞いてやってくる。だが、百合子の姿を見た城山の息子は、
彼女が遺産目当てで父を殺そうとした、と言い出す。

実は城山は、百合子に財産を譲るために遺言書を書き換えていた。
百合子は、城山宅の合鍵を持っていること、当日も午後3時に城山を送り届けた後、
午後6時まで彼の家にいたことを金志郎たちに話す。
しかし、城山が遺言書を書き換えたことは知らなかったという。

南たちとともに百合子が働く介護施設を訪れた金志郎は、
入居者の木暮から、百合子が城山宅を出た後、
近所の公園まで一緒に散歩に行ったという証言を得る。
ふたりが散歩していたのは、百合子が城山の家を出た午後6時から8時半まで。
城山が発見されたのは午後8時過ぎだったため、百合子のアリバイは成立していた。
それでも南たちが百合子に疑いを向けていることを知った金志郎は、
決めつけの捜査が冤罪を生む、と主張する。ところが、公園管理員の証言から、
百合子と木暮が公園には来ていなかったことが判明し…。

金志郎は、副署長の半田から頼まれて、
署員たちの挨拶や身だしなみの抜き打ち検査をしていた。
するとそこに、刑事課の水口が駆け込んでくる。
署に来る途中、建物上階から花瓶が落ちてきて命を狙われた、というのだ。
南は、考えすぎだと水口を諭すと、机の上にあった差出人不明の封筒を手に取った。
が、その中には、脅迫状とカッターナイフの刃が入っていて…。

南は、家出した女子高生の捜索願や窃盗事件を後回しにして、
強盗致傷事件に集中するよう、松本に告げる。そこにやってきた金志郎は、
脅迫状の送り主を見つけてからでもいいのではないか、と南に助言した。
だが、南は聞く耳を持たない。金志郎は、水口が南からもらったジャケットを着ていたことから、
狙われているのは南だと判断し、ベテラン刑事の元山に、
南を恨んでいそうな人物のリストアップを依頼する。

金志郎は、実里とともに、リストアップされた人物を調べ始める。
ところがその矢先、南のもとに、娘のめぐみのスマートフォンが入った郵便物が届けられる。
その中には、車の後部座席で後ろ手に縛られているめぐみの画像があった。

事件を受け、警視庁の秋嶋方面本部長が捜査の指揮をすることになった。
そんな中、南は、誘拐犯から、全国ネットのテレビ中継で謝罪するよう命じられ…。

金志郎（玉木宏）たち北町署の面々は、1日警察署長として
人気ドラマ「暴れん坊刑事」の主演俳優・小松平健介（を迎える。
女性アイドルではないことでテンションが下がっている松本や水口とは対照的に、
ドラマの大ファンだった実里はメイクもバッチリ決めて浮かれていた。

警視庁の広報課長・春本とともに北町署にやってきた小松平は、
実里を見つけるなり案内役を頼み、彼女とのツーショット写真をSNSにアップする。
だが、金志郎とふたりきりになるといきなり態度が変わり、
「1日署長をやっておいたら交通違反をもみ消してくれるでしょ？」などと言いだし…。

小松平は、万引きで逮捕された主婦を言葉巧みに説得して反省させ、
取材陣からも称賛を得ていた。ところがその矢先、署内に貼られていた
小松平の警察広報用ポスターが何者かによって切り裂かれていることが判明。
さらに、小松平の名前で、北町署にピザや寿司などが大量に出前され、署内は大騒ぎに。

金志郎や南は、恨みを持つ人物に心当たりがあるかどうか小松平に尋ねる。
が、成功した人間に嫌がらせはつきものだ、とうそぶく小松平。
春本は、安全を考慮し、予定されていたイベントの中止を主張する。
しかし、今回の騒動を起こした人物がイベント会場に現れると確信した金志郎は、
カメラ班を配置し、予定通りイベントを行うことにするが…。

金志郎にお見合い話が持ち上がった。相手は、警察庁長官官房長の愛娘だ。
副署長の半田から、北町署の将来だけでなく自分の首もかかっている、と
懇願された金志郎は、そのお見合いを承諾した。
実里は、半田から、金志郎がお見合いに着ていくスーツのコーディネートを頼まれる。
が、楽しそうにネクタイを選ぶ金志郎の姿に、何故かモヤモヤした気持ちになり…。

お見合い当日、半田に急かされて北町署を出ようとしていた金志郎は、
紙袋を持った男性・吉野とぶつかってしまう。
吉野は、署長につないでほしい、と言いかけたものの、
そこに金志郎のお見合い話を聞きつけた主婦たちが押し寄せたため、その場を立ち去る。

金志郎は、官房長の娘・佳奈子と対面する。が、ふたりきりになった途端、
「どうせ断るんでしょう？」と言って泣き出す佳奈子。
これまでに、99回も断られてきたのだという。
佳奈子が、警察キャリアと結婚させたいという父親の期待に苦しんでいることを知った金志郎は、
肩に力が入り過ぎて素敵な部分が伝わらなかっただけ、と慰める。

同じころ、北町署では、金志郎に会いたいという市民が殺到し、
署員たちが対応に追われていた。その中には吉野の姿もあった。

一方、実里は、刑事だった金志郎の父親が殉職した事件のファイルをこっそり調べる。
そこにやってきた南は、実里からファイルを奪い取り…。

金志郎と実里は、理香のヨガ教室で、クレーマー主婦4人のグループに遭遇する。
体験入会で初めて教室にやってきたグループのひとり、朋世が、
無理なポーズをさせられたせいで体を痛めた、と言い出したのだ。
だが、金志郎が、医者に診てもらってはどうかと提案すると、
グループのリーダー格・園子は、捨て台詞を残し、皆を引き連れて去って行く。

あくる日、今度は北町署に園子たちが現れる。
同じ社宅に住んでいるという園子らは、
ポストにゴミを入れられるなどの悪質な嫌がらせに遭い、被害届を出しにきたのだという。
そこにやってきた南は、園子たちと一緒にいる朋世の姿に驚く。
実は南は、20年ほど前に起きたある事件で、朋世と知り合っていたのだ。
被害届を受理した南は、社宅周辺の警備を強化することを約束し、朋世に名刺を手渡す。

金志郎は、南の反対を押し切って、園子たちの一件を捜査する。
しかし実里は、社宅内で園子たち4人だけが被害者、という点から、
自業自得ではないかと言い出す。
実際、園子たちは、他の店でもクレームをつけてはお詫びの品等を受け取っていたのだ。
それでも捜査を止めない金志郎は、駐車場から男が逃げていくのを見た、という
朋世の証言に不審を抱く。と同時に、
主婦グループ内で朋世が一番弱い立場に置かれていることを知り…。

北町署の金志郎のもとに、息子が昨晩オートバイ事故を起こして迷惑をかけた、
と言って春日吾郎という男がやってきた。だが、管内で事故の報告がなかったことから、
吾郎は「オレオレ詐欺」に遭っていたことが判明する。

連絡を受けて署にやってきた吾郎の息子・亮平は、
詐欺に遭うなんて恥ずかしい、と父親を非難した。
金志郎は、口論になった吾郎と亮平を落ち着かせようとするが、
吾郎と不仲だった亮平は、金志郎の言葉に耳を貸さず、最低な父親だと言い放つ。

ここ数週間で「オレオレ詐欺」の被害が多発していることを知った金志郎は、
各不動産会社で最近入居した個人・法人の記録の調査を指示。
ほどなく、詐欺グループのアジトと思われるマンションにたどり着く。
そのマンションは、南の家のすぐ近所だった。

金志郎と実里は、捜査中に腰を痛めて自宅療養を余儀なくされたものの、
みどりとめぐみが旅行に出かけてしまい、不便な生活を強いられていた南に事情を伝え、
彼の家からマンションの監視をすることに。
南の食事の世話もしながら監視を続けていた金志郎たちは、
部屋に出入りしていた男・藤本らの写真を撮る。
そんな折、南家に、警視監の長下部まで現れ…。

金志郎は、美容師の沙織がストーカー被害に遭っていることを知る。
北町署刑事課を訪れた沙織は、
元恋人の岡崎から付きまとわれている、と松本に相談した。
別れ話に納得しなかった岡崎から離れるため、
職場も変えてこの町に引っ越してきた沙織の前に、突然彼が現れたのだという。
沙織は、ゴミが荒らされるなどの不審な出来事があったことも訴えた。
しかし松本は、明確な被害がなければ警察は動けない、と返すしかなく…。

岡崎が婚約者だと名乗って勤め先の美容室にも現れたことを知った沙織は、
再び北町署を訪れる。
だが、それでも警察が動いてくれないことを知り、諦めて帰ろうとする沙織。
金志郎は、彼女を追いかけ、何かあれば連絡してほしい、と
刑事課の直通電話番号を伝える。

そんな中、再び岡崎からの電話を受けた沙織は、刑事課に連絡する。
が、電話に出た松本は、連行されてきた無銭飲食犯が暴れだしたこともあって、
あとで連絡する、といって沙織からの電話を切ってしまう。
すると、沙織の勤務先に岡崎が現れ、
逃げようとした沙織が転倒してけがを負うという事件が起きる。
それを知った金志郎は、沙織を訪ねて謝罪すると、
「市民からのSOSにきちんと応じていれば未然に防げた」と言って松本に自宅謹慎を命じる。
金志郎は、実里に沙織の警護を頼むが…。

25年前、金志郎の父・桜井周平を射殺した真犯人を追っていた南が
拳銃で撃たれ、意識不明のまま病院に収容される。
南を撃ったのは、元副総監の息子・桐島真司だった。

一方、真相を確かめるべく長下部に会いに行った金志郎は、上層部から呼び出される。
そこで金志郎は、時効が成立している事件の捜査をさせた上、
捜査員が撃たれた今回の事件の責任を問われ、
謹慎処分と北町署署長の解任を言い渡される。

金志郎の処分を受け、北町署の署長代理となった秋嶋は、
半田副署長や実里ら署員たちに、署長官舎から姿を消し、
桐島の行方を追っていると思われる金志郎の身柄を拘束するよう命じる。
さらに秋嶋は、南を撃った犯人として、
拳銃密売でマークされていた柴田という男をすでに逮捕したと皆に告げた。

金志郎は、本庁の刑事たちに追われながらも、単身聞き込み捜査を続けていた。
そんな金志郎の前に現れた北町署刑事課のメンバー――松本、元山、水口、花岡は、
桐島が犯人であることを証明すべきだと申し出る。
しかし金志郎は、父の事件は個人の問題だとして、この件に関わらないよう命じ…。