北鎌倉に法門寺家という名家がある。やんごとなき人物の末裔で、
時の権力者からその存在を隠されてきた。
現在もその存在を知るものはごく一部しかいない。
そんな法門寺家はありとあらゆる学問を研究してきた、
中でも犯罪研究に力を入れてきた学究派の家系だ。
さらに長男にはIQ246の頭脳が代々遺伝する。
そんな法門寺家の89代目当主・沙羅駆も例に漏れずIQ246の天才だ。
凡人が治める今の世は刺激が少なすぎ、常に暇を持て余していた。
「あー、暇だ暇だ。どこかに私が解くに値する謎はないものか」

そんなある日、
警視庁の刑事・和藤奏子は突然捜査一課に配属された。
しかし彼女に与えられた任務は
凶悪事件の捜査ではなく法門寺家当主の護衛。
東京の治安を守る警視庁の刑事がなぜ北鎌倉なのか…。
配属された者は皆、一ヶ月以内に辞職するらしい…。
様々な謎を抱えたまま、奏子は法門寺家を訪れる。
お手伝いさんに案内された奏子は出迎えた男性に着任のあいさつをする。
しかしその男は沙羅駆ではなく、
代々法門寺家に使える執事の89代目・賢正だった。
ド庶民の奏子は執事がいること自体に驚く。

暇に耐えかねてタクシーでこっそり家を抜け出した沙羅駆は
事件現場に偶然出くわす。
女性の他殺体を一目見た沙羅駆は
被害者の人となりや犯行の手口などを鮮やかに言い当てるが、
無銭乗車の罪で連行されてしまう。
しかし、法門寺家自体が国家的な機密事項のため、
警視総監命令ですぐに自由の身となる。
一方、沙羅駆逮捕の報を聞いた賢正は奏子と共に警視庁を訪れる。
何食わぬ顔で現れた沙羅駆は
初対面の奏子の生活レベルや心情などをズバリ言い当てた。

その頃、変わり者の法医学専門医 監察医・森本朋美は
運び込まれた遺体を検分し加害者をある程度絞り込むが、
沙羅駆が全く同じ見立てをしたと刑事から聞き、
まだ見ぬ沙羅駆に心躍らせる。

邸宅に戻った沙羅駆のもとに
大金持ち・桜庭家の奥様がやってきた。
住み込みで働いていた
寿司職人・宮島がいなくなったので探して欲しいというのだ。
沙羅駆はイヤイヤながら聞き込みを始めるのだが、
厨房で宮島が愛用していた包丁と砥石を見つけた沙羅駆は
急に目を輝かせる。
そして先ほどまでとは違い嬉々として聞き込みを続ける。

そのまま桜庭家のディナーに同席することになった沙羅駆は
主賓のCMプランナー早乙女と知り合う。
和気藹々と宴が続く中、早乙女の携帯電話が鳴った。
会社に強盗が入り部下が殺されたというのだ。
失意の早乙女は会社に戻ると出て行くが、
沙羅駆はなぜかその後を追いかけ…。

若者を中心に流行中の漫画
「キルリスト」を真似した連続自殺事件が発生する。
キルリストとは、法では裁けない悪人の名前をそのリストに書くと、
悪魔が悪人を自殺に追い込むといった内容で、
実際、過去に悪事をしたとおぼしき人たちが裁きを受けており、
「殺しのリスト」が実在するのではないかと
ネットやワイドショーで話題になっていた。
その噂を知った沙羅駆は、「悪魔が自殺に追いやったわけではない。
れっきとした殺人だ」と言い放つ。

ちょうどその頃、都内で起きた3件のキルリスト事件の被害者は、
過去に子供を虐待死させた容疑者という共通点が浮上。
警察は被害状況から自殺だと判断するが、
三人の死に興味を抱いた沙羅駆は、
刑事の奏子が引き止めるのも聞かず、
執事の賢正と共に捜査に足を踏み入れる。

独自にキルリスト事件を追い始めた沙羅駆は、
死んだ三人の共通点からある人物へとたどりつく。
その人物は、塾講師の前川公平。
塾生から「前川っち」とニックネームを付けられるほど
気さくな人柄の前川だが、
実は、十年前に幼い妹を殺害された過去があり……。

沙羅駆と賢正は、フットマッサージ店で
女磨きに励む瞳と奏子を迎えに行った先で、
賢正の高校の同級生・滝乃川美晴と再会する。
美晴は近頃カリスマ主婦モデルとして活躍しており、
しかも夫は不動産会社を経営する
やり手の社長・滝乃川隆文ということで、
世間の女性たちがうらやむセレブ生活を送っていた。
久々の再会に、お互い感慨深げに喜ぶ賢正と美晴。
二人は近いうちにまた会おうと
連絡先を交わして互いにその場を後にする。

ところが、数日経ったある夜。
美晴の夫・隆文が自宅の書斎で刺殺される事件が起こる。
犯人は隆文との間で金銭トラブルを起こしていた
工場の経営者・下村辰也で、
なんと下村も隆文の傍らで頭から血を流して絶命していた。
第一発見者である美晴の証言と現場の状況証拠から、
事件は隆文を逆恨みした下村が滝乃川家に侵入し、
隆文に襲い掛かって刺殺。
その際もみ合った拍子に
下村も花瓶で頭を殴られて死亡したと判断される。

自宅で巻き起こった突然の悲劇により
幸せなセレブ生活が一変する美晴の身を案じる賢正。
しかし、沙羅駆は美晴の不可解な言動に疑念を抱き始める……。
そんな沙羅駆に対し賢正は美晴を擁護。
美晴を巡り、沙羅駆と賢正との間に亀裂が生まれてしまう。

ある日、都内にある
地上50階建てタワーマンションの最上階の一室で、
大学病院の外科系統括部長を務める
医師の土門賢治の他殺体が発見される。
凶器は土門の部屋にあった置物と果物ナイフの二つで、
現場状況から土門は読書の最中、
不意に背後から置物で頭部を殴られ、
その後に果物ナイフで背中を二度刺されていた。

土門は半年前に妻と死別しており、子供もおらず一人暮らしだった。
警察は、金品などが盗られている状況から強盗殺人だと判断する。
だが、犯行時刻とされる時間帯に
マンションの十数台ある防犯カメラには
不審人物は映っておらず、土門の部屋につながるエレベーターは
コンピューター制御で50階に行くには暗証コードが必要なため、
マスコミは事件を「天空の密室殺人」だと騒ぎ立てる。

事件の情報を嗅ぎ付け
賢正や奏子と共に現場に乗り込んできた沙羅駆は、
現場を検分し遺体に掛けられていた
メガネと果物皿にあったグレープフルーツ、
そしてジャズのCDばかりが並べられている棚の中に1枚だけある
未開封のクラシックのCDに着目。
それらの物証から沙羅駆は
土門の殺人は強盗に見せかけた犯行ではないかと仮説を立て、
怨恨の線で犯人を追うべきだと判断する。
そして沙羅駆はいくつかの手掛かりを頼りに、
土門の部屋に残されていた
唯一のクラシックCDの演奏者である
女性ピアニスト・二本松由里に事情を聞きにいく。

先代の執事・賢丈に頼まれ、とあるアートギャラリーの
プレオープニングパーティーにおもむいた沙羅駆、奏子、賢正は
セレモニーの演出を担当する
新進気鋭のアーティスト・千代能光一と出会う。

千代能は学生時代からの腐れ縁だという番田と共に
『バナナ＆チョコ』という名のアートユニットを結成。
二人の才能を融合し最先端技術などを取り込んだ
斬新なアートは巷で人気を博し、
オリンピックの開会式の演出候補にも名前が挙がるほど
目覚しい活躍を見せていた。

会場では、ヘッドセットを付けた招待客が『バナナ＆チョコ』が手掛けた
最新テクノロジーのＡＲ（＝拡張現実）を体感していた。
空中に手を伸ばし何かを掴もうとしたり、
バランスを失って転んだりと大盛況の中、
華やかにオープニングセレモニーが始まり、
千代能が挨拶のスピーチを行う。
招待客から歓声が上がる中、ヘッドセットを付けた番田が
会場の上層に登場するのだが、
番田は踊るような不可解な動作を見せた後、
足場から落ち、沙羅駆ら招待客の前で転落死する。
大切な相棒である番田の予期せぬ転落死に打ちひしがれる千代能。
現場検証に立ち会った沙羅駆は番田の転落死事件に興味を抱き、
千代能の事務所を訪ねるが……。

いつものように屋敷で暇を持て余していた沙羅駆は
奏子が手にしていた新聞に掲載されていた
未解決の殺人事件記事に目を留める。
それは3週間ほど前に都内のとある橋の下で
鈴木守という男が他殺体で発見された記事だった。

周囲から人畜無害で殺される理由が見当たらないと評されていた
鈴木守が何故殺されたのか･･･。事件に興味を抱いた沙羅駆は
奏子、賢正と共に被害者のアパートを調査に訪れる。

被害者の鈴木守は工場で真面目に働く地味な男で、
人柄も誠実で質素な生活を送っていたようだった。
そのため警察では怨恨の可能性が見当たらず、
通り魔の犯行として捜査を進めていた。
だが、沙羅駆は被害者の部屋に残された高価なフィギュアや
株の購入を予定していたと思われる資料などから
「この事件は連続する」と推理する。

数日後、鈴木守が株購入を相談していた担当者で
証券会社勤務の笠原亮次が
自宅の階段から落下し死亡していたことが判明する。
死んだ亮次は返済が滞るほど借金があり、
それが原因で別居中の妻・葵とは離婚調停中だったが、
現場検証では亮次が死ぬ間際、
ワインとキャビアを食するほど優雅な生活を送っていたことが判明する。
警察が事故死と判断を下そうとする中、
いつものように勝手に現場検証に乱入していた沙羅駆は
弟の訃報を聞いてやって来たという亮次の兄・壮一に遭遇。
壮一の様子を見て興味を抱いた沙羅駆は早速、
壮一の自宅を訪ねていく。

壮一は画家だったがコンクールなどの賞にもまったく恵まれず、
画廊からも声がかからないいわゆる自称画家で、
最近まで経済的には決して恵まれていないようだった。
ところが亮次の死と時を同じくして
高級マンションに引っ越すなど羽振りの良い様子で……。

これまで沙羅駆が解決してきた一連の事件の元凶で、
『13』と名乗っていた、『M』こと、犯罪の黒幕“マリア・T”。
その“マリア・T”が
監察医の森本朋美に成りすましていたことが判明。
姿を消した彼女追う沙羅駆と賢正は入手した朋美のパソコンから
経度と緯度を示す数字の羅列を見つける。
それが“マリア・T”からの
何らかのメッセージだと考えた沙羅駆は奏子や賢正と共に
その羅列数字が示す地点にあるテレビ局の撮影スタジオへと向かう。

沙羅駆らが訪れたTVスタジオでは
若手女優の千草あやめが主演を務めるTVドラマ
『麗しの探偵』の撮影が行われていた。
あやめは現在人気女優としてブレイク中で、
スクープを狙うマスコミから常に追われる身だったが、
その一方で同じドラマの犯人役を演じる女優・美園麗子は
狙っていた主演の座をあやめに奪われ、
一世風靡したかつての人気も陰を潜めていた。
そんな二人が水面下で新旧女優バトルを繰り広げる中、
スタジオ内を見て回っていた沙羅駆たちは
“マリア・T”が何かを仕掛けているはずだと
手がかりを探し回るのだが、徒労に終わる。

ところがその夜、警察に「美園麗子を殺した」という通報があり、
事件を聞きつけた沙羅駆たちは
“マリア・T”が関わっていると察し現場へ急行する。
すると事件の被害者は通報とは異なり、
何故か麗子の装いをしていたあやめだった。
事件の夜、あやめは
自分をマークするマスコミの追跡を巻くため、
麗子とお互いに衣装や車を交換して
スタジオから帰宅したのだった。
麗子が近頃、ストーカーから脅迫されていたことが判明し、
現場の状況からあやめは麗子のストーカーに
麗子と間違われて殺害されたと判断されるのだが……。
沙羅駆は麗子の動向に興味を抱き始める。

沙羅駆の護衛係を務める奏子のパソコンが何者かにハッキングされ、
奏子が書き留めていた沙羅駆に関する調査報告書が世間に流出。
“マリアＴ”が裏で操っていた一連の殺人事件を
沙羅駆が解決していたことがマスコミに取り上げられ、
沙羅駆の存在が一躍世間に知れ渡ってしまう。

そんな矢先、都内のとある一軒家で爆発が起こり爆発跡から
その家の住人でフリーライターの九鬼という男が刺殺体で発見される。
現場にあった凶器のナイフから沙羅駆の指紋が検出され、
そのうえ周辺の目撃情報からも沙羅駆を見たとの証言が多数あがり、
なんと沙羅駆が殺人容疑で警察に連行されてしまう。
茫然とする奏子や賢正をよそに、
警察に拘留されても一人落ち着き払い飄々とした態度の沙羅駆。
殺された九鬼はスキャンダルをネタに金を要求するいわゆる
“ブラックジャーナリスト”で、実は沙羅駆についても
告発記事を執筆し週刊誌に発表する予定だったことが判明。
それにより二人の繋がりも見つかり、
警察では益々沙羅駆への容疑が深まっていく。

そんな中、奏子は沙羅駆の無実を主張し、真犯人を見つけ出そうとするが、
捜査本部からは事件への関与を禁じられてしまう。

一方、捜査本部では
捜査を指揮する警視庁捜査一課管理官・牛田寛人が、
沙羅駆に対し九鬼殺しの容疑者としてだけではなく、
これまでのマリアＴが黒幕だった
一連の殺人事件の真の首謀者ではないかという疑惑を向けていた。
実は牛田と沙羅駆は8年前、
牛田が指揮を執っていたある事件から続く因縁があったのだ。
その事件で沙羅駆に苦い経験を味合わされた牛田は、
沙羅駆の人並み外れた頭脳に関して身をもって知るがゆえに、
沙羅駆であればその叡智を駆使して犯罪を操ることは可能だと考え、
沙羅駆が犯罪者だと固執。
沙羅駆は牛田から取調べを受けることになり、二人は運命の再会を果たす。

その頃、捜査への関与を禁じられていた奏子は独自に捜査を始めるが……。

奏子の活躍により、殺人事件の容疑が晴れた沙羅駆は
無事に北鎌倉の屋敷に戻るが、
戻った矢先、沙羅駆たちのもとに
刑務所に拘留されているマリア・Ｔが服毒自殺を謀り、
搬送先の病院で息を引き取ったとの連絡が入る。

すると時を同じくして御前会議のメンバーの黒木が法門寺家に来訪。
対面した沙羅駆は黒木から
政財界のある要人が手術で極秘入院することになった為、
秘密裡に警護の指揮を執って欲しいと要請される。
賢丈は黒木の要請を引き受けるよう沙羅駆を促がすが、
沙羅駆はマリア・Ｔの件を解くことが優先だと、
黒木の申し出を即座に拒否する。

その後、沙羅駆は奏子と賢正を伴い、
法医解剖室へマリア・Ｔの遺体を確認に訪れる。
遺体と対面した沙羅駆は
マリア・Tの遺体を一目見た途端、あることに気付く。
そして、マリア・Tが自分たちを監視していると察した沙羅駆が
解剖室の監視カメラに呼びかけると案の定、
解剖室のパソコンにマリア・Tが姿を現し、
「あなたの大切なものが、私の手の中にある」との
意味深な言葉を残して消えてしまう。
マリア・Tの挑発に憤る賢正。
と、そんな賢正に賢丈が車にはねられ病院へ搬送されたとの連絡が入り、
沙羅駆ら3人は病院へと急行する。
沙羅駆たちが見守る中、賢丈の手術が始まるのだが、
その矢先、病院内の電気が停電。
沙羅駆は病院の電源が何者かによってハッキングされ、
オペ中の賢丈の命はもちろん、
病院の患者全員の命がマリア・Ｔに掌握されてしまったと悟る。
と、そんな沙羅駆に、
警視総監の棚田から沙羅駆が警護の指揮を依頼されていた要人
つまり御前様が入院する病院の電源がハッキングされてしまった為、
沙羅駆に病院へ来て欲しいとの連絡が入る。
奇しくも御前様が入院した病院とは賢丈と同じ病院であった……。

マリア・Ｔの策略で
警察からマリア・Tの仲間と見なされてしまった沙羅駆は
奏子や賢正と共にアジトから逃げ出したマリア・Tを追いかけようとするが、
その矢先に警視総監の棚田が発動した
“沙羅駆射殺許可命令”によって現れた機動隊に取り囲まれてしまう。

問答無用で追い詰めてくる機動隊員たちを賢正が何とかやり込め、
沙羅駆たち3人は取り囲んでいた機動隊からの脱出を図る。
だが3人が車に乗り込もうとしたところ、物陰で沙羅駆の命を狙っていた
警察のスナイパーに気がついた奏子が沙羅駆を庇い、撃たれてしまう。
腹部に被弾し倒れる奏子の姿を前に、スナイパーへ激しく憤る沙羅駆。
賢正はそんな沙羅駆に奏子の治療をすることが先決だといさめ、
二人は奏子を連れて病院へと駆け込むのだが……。

一方、政財界では御前会議あてにマリア・Tから
「日本中の電気の中枢をハッキングした」との脅迫状が届き、
御前様や御前会議の幹部・黒木が一刻も早く
マリア・Tの行方を突き止めるよう棚田を急き立てる。