31年前、横浜中央署の熱血刑事・京極浩介は、
捜査中に爆発に巻き込まれ、昏睡状態に陥った。
そのまま眠り続けて30年後、彼は目を覚ました。
仕事に復帰した京極は、若手刑事の望月亮太とコンビを組むことに。

30年眠っていたため、京極の感覚は80年代のままだった。
亮太は、そんな京極に振り回されてばかり。言い争いの絶えない二人だったが、
破天荒な方法で事件を解決していく名コンビでもあった。

そんな中、横浜中央署管内で銀行強盗事件が発生。
神奈川県警本部の参事官・松浦聡が
特殊部隊を率いて強盗制圧作戦の指揮を執っていた。
一方、京極と亮太は、松浦の指揮を離れて勝手に銀行内部に潜入。
すったもんだの末、強盗制圧には成功したものの、
京極と亮太に自分の作戦をめちゃくちゃにされて激怒する松浦。
彼は神奈川県警本部長・神野晴彦に、二人の処罰を訴える。

京極が30年眠っている間、妻の加奈子は後輩刑事の鈴木と再婚していた。
京極と加奈子の間に生まれた娘・結衣は、京極と鈴木を二人とも父親として慕うように。
京極、加奈子、鈴木は気まずい関係ながら、
結衣と亮太を交えてたびたび食事会を開いていた。

結衣は、京極と鈴木の影響で警察官になっていた。
ある日、彼女が違法駐車のチェックをしていると、コワモテの男に因縁を付けられる。
心配のあまり、結衣の行動を見張っていた京極は、男を取り押さえる。
その男は、京極の旧友・相良虎徹だった。京極と虎徹は、久々の再会を喜び合う。

京極と虎徹は、思い出を語り合いながら夜の街を歩いていた。
そこへ無数のドローンが飛来し、小型爆弾を投下。
爆弾は次々と爆発し、街はパニック状態に。

ドローンを使った爆弾犯は、さらなる爆破予告をしてくる。
神奈川県警本部と横浜中央署は、合同捜査本部を設置。
京極と亮太も、張り切って捜査に臨もうとするが…。

京極が横浜の街を爆発から救った動画がインターネットで拡散され、
それを見たというジャーナリスト・晴香（片瀬那奈）が京極を取材しに来た。
京極は有頂天になり、警察内部まで晴香と取材クルーを案内する。
晴香は、世界中の恵まれない子供のためにボランティア活動を行い、
現在はアフリカのとある国に在住。
この度、京極の取材のために帰国したという。
晴香の高い志を聞いた京極は、いたく感動するのだった。

晴香は、京極のことをもっと知りたいと言い出す。
京極の休日に密着したいという晴香の頼みを、京極は快諾。
一方、亮太は、京極と晴香が付き合えば京極は家を出ていき、
自分と結衣が同棲できるに違いないと想像。京極の休日密着取材当日。
晴香は取材クルーを連れておらず、京極は彼女と二人きりに。
取材とは名ばかりで、すっかり京極と晴香のデートになっていた。
二人の距離は縮まり、良い雰囲気になる京極と晴香。
結衣を連れて二人を尾行していた亮太は、自分の計画がうまくいきそうだとほくそ笑む。

そんな中、横浜中央署の地下保管庫に保管されていた物が
すべて盗まれるという事件が発生。
盗まれたのは拳銃や押収した薬物など、絶対に流出が許されない物ばかり。
署長の鯨井は、警察上層部にバレたら大変だと大慌て。
そこへ神奈川県警本部の松浦と若山が訪れる。
松浦たちは、国際的な詐欺組織が日本に潜入しているので
気を付けるようにと注意喚起に来たのだった。
その話から思い当たることのあった京極は、刑事課を飛び出して捜査へ向かい…！

ある日、京極宛てに、加奈子から荷物が届く。
荷物の中身は、ブレスレットだった。
亮太にも結衣から、京極と同じブレスレットが届いていた。
二人がブレスレットを着けて比べてみようとすると、
2つのブレスレットは強力な磁力でくっついて離れなくなる。
一心同体状態になってしまった二人は、
なんとかブレスレットを切り離せないかと試みる。
しかし、良い手立てはまったく見つからない。

二人が途方に暮れていると、京極に電話がかかってくる。
電話の主は、加奈子と結衣の名前を騙ってブレスレットを送ってきた人物だった。
京極と亮太はその男から「ブレスレットには爆弾が仕掛けてある」と告げられる。
さらに、ブレスレットを外すためには、その男が持っている鍵が必要だという。

男はヒントを与え、鍵が欲しければ自分を捜せと命じる。
まもなく、ブレスレットに仕掛けられた爆弾のタイマーが動き始める。
爆発までの時間は、あと30分だった。京極と亮太は、絶体絶命の危機に…！

ハロウィーンの季節がやってきた。横浜中央署の面々は、
2日にわたって横浜で開催されるハロウィーンイベントの警備をすることに。
街は、コスプレをした人々でごった返していた。30年間眠っていた京極は、
自分の知らない間にハロウィーン文化がすっかり日本に根付いていることに驚く。

ハロウィーンイベントの1日目に、3件の傷害事件が発生。
被害者はいずれも暴行を受けた後、何かの儀式のように飾り立てられていた。
3件の犯人は、同一犯と断定。重要参考人として、
事件現場で血の付いたナイフを持ってたたずんでいた女性が確保される。

翌日、京極と亮太は彼女を取り調べることに。
しかし、彼女は何も言わず、名前すら明かそうとしない。
京極は彼女が持っていたギターケースから、
その日の晩に開催されるロックフェスティバルのチラシを見つける。
そのロックフェスは、新人アーティストがメジャーデビューをかけて出演するものだった。
チラシには参加者の一人として彼女の写真と、“杏奈”という名が記されていた。
京極と亮太の前で、ギターを弾きながら歌う杏奈。
彼女は、二人の涙を誘うほど感動的な演奏を披露する。

刑事の勘で、杏奈が事件時に衝撃を受けて記憶喪失になってしまったと思い込む京極。
彼は杏奈の記憶を呼び戻すため、彼女を街に連れ出す。

そんな中、横浜中央署に松浦が訪れる。
松浦は、連続傷害事件の重要参考人に面会したいという。
杏奈が重要参考人と知り、動揺する松浦。実は、杏奈は松浦の娘だった…。

京極と亮太は、松浦、若山、鈴木とともに、神野に呼び出される。
神野は京極たちに、ある強盗団を逮捕してほしいと依頼。
県内屈指の名門校・翔蘭高校の関係者の自宅が連続して強盗被害に遭っていた。
その強盗犯は各現場に必ず数字を残し、
犯行を楽しむかのようにカウントダウンをしているという奇妙な事件でもあった。
盗まれた金は、すべて裏金で、被害者たちも被害届を出せない。
神野は、翔蘭高校理事長の堂島と友人で、
内々に何とかしてほしいと頼まれたのだった。
京極たちは、神奈川県警本部と横浜中央署で内密に捜査してほしいと命じられる。
さらに神野は、県警と横浜中央署でどちらが先に強盗を逮捕できるか、と
お互いのライバル心を焚き付ける。

京極は、犯人が学校内部にいると推理。
横浜中央署の面々は、学校関係者に扮して翔蘭高校に潜入捜査をすることに。
京極は自分が生徒になって潜入するつもりだったが、
亮太と鈴木に大反対されて阻まれる。
誰が潜入するのか、すったもんだの末、亮太と菜々子が編入する生徒に、
結衣が臨時の養護教諭になりすまして翔蘭高校へ。

翔蘭高校での潜入捜査初日。
亮太と菜々子は、2年3組の編入生としてクラスメイトたちに紹介される。
そこに京極が乱入。
潜入捜査をあきらめられなかった彼は、教育実習生になりすましていた。

京極は、自分が授業をすると言って大張り切り。
2年3組の担任・香澄は京極の行動に、困惑するばかり。
亮太の心配をよそに、熱血授業を始める京極。
すると、生徒の一人・貴志が、教室を出て行こうとする。
貴志からバカにしたような態度を取られてカッとなった京極は、
貴志の胸倉をつかんでしまう。
京極は“暴力教師”とはやし立てられ、教室は大混乱に。
京極と亮太は体操部に入部することになったりと学校生活を満喫するものの、
肝心の捜査はなかなか進展しない。そんな中、新たな強盗事件が発生し…。

翔蘭高校の関係者の自宅が襲われる連続強盗事件が発生し、
学校内で潜入捜査をしていた京極と亮太。
そんな中、翔蘭高校校長の増田の家に強盗が侵入。
京極は犯人を追いつめるが、あと一歩で取り逃がしてしまう。
そして、事件現場で増田の遺体が発見され、壁には“3”と描かれていた。
増田は、逃げた犯人を追いかけようとして誤って転落死したとみられた。
“3”は強盗事件の各現場に残された、カウントダウンを示す数字だった。

京極と亮太は、翔蘭高校での潜入捜査を続行。
そんな中、学校の体育館の緞帳に巨大な“2”が描かれるという事件が起こる。
この数字は、連続強盗事件のカウントダウンの数字と符合。
新たな犯行予告の可能性があった。

松浦と若山は、体操部顧問の香澄に事情聴取を行う。
松浦たちは、犯人グループの身のこなしに体操と似た動きがあったことから、
体操部関係者に疑いを持っていた。
翔蘭高校にはかつて体育科があったが、10年前に廃止。
その当時、香澄と、体操部の指導に来ているOB・並木は、体育科の生徒だった。

一方、教育実習生になりすました京極は、
熱血指導ですっかり生徒たちの心をつかんでいた。
しかし、元体操部の貴志だけは、京極に対して反抗的な態度をとる。
京極は松浦と同じく、強盗事件と体操部には関連があるのではないかと考える。
京極は推理をめぐらせた末に「謎はすべて解けた！」と言い放ち、
体操部員を集めて犯人を名指ししようとするが…。

京極と亮太は体操部に入部することになったりと学校生活を満喫するものの、
肝心の捜査はなかなか進展しない。そんな中、新たな強盗事件が発生し…。

神野が清美といちゃいちゃしている現場を覗き見た若山。
彼は、上司の秘密を知ったために出世できなくなるのではないかと心配になり、
亮太に相談する。若山と亮太が話していると、京極が現れる。
京極は悩んでいる若山に、自分が何とかすると言い出す。
若山は、藁にもすがる思いで京極に頼る。京極は若山に交換条件として、
この問題が解決するまでは自分の言うことを何でも聞くと約束させる。

この機会に、神野の正体を暴くと意気込む京極。
彼は亮太と若山を連れて、仕事を終えた神野を尾行。
神野が向かったのは横浜市内の自宅ではなく、六本木だった。
神野は、裏路地にある建物の地下へ姿を消す。
京極たちが神野の後を追うと、そこにはクラブとメイド喫茶が並んでいた。
神野がどちらの店に入ったのか分からなくなった京極たちは、
刑事の勘でメイド喫茶に踏み込む。しかし、そこに神野の姿はなかった。
メイド喫茶の雰囲気にまったくついていけない京極は混乱し、
またしても大騒ぎを起こしてしまう。

神野が行ったと思われるクラブ「リアルマンティス」は、会員制の店だった。
しかし、それは表向きで、裏では格闘家を戦わせて賭博を行う、
違法の“ファイトクラブ”を開催する場所と分かる。
神野は、賭博に関わっている可能性があった。
神野への疑惑は、ますます深まるばかり。

京極たちは、リアルマンティスに潜入して神野を待ち伏せすることに。
しかし店に入ると、亮太と若山がファイトクラブの参加者としてリングに上げられ、
二人は戦うハメに。そこに警視庁の刑事たちが踏みこんできて…。

京極と亮太は、武装集団の制圧のため、とある廃ビルに乗り込もうとしていた。
そこにはなぜか、神野も同行。
刑事ドラマのような派手な銃撃戦が見たくてたまらない神野は、
早く武装集団のいる場所へ突入するよう、京極たちを焚き付ける。
京極と亮太は神野にあきれつつ、二人で武装集団のもとへ。
京極と亮太が武装集団と対峙していると、ふらふらと神野が現れる。
武装集団は、神野を狙って銃撃。その時、神野をかばった亮太が撃たれてしまう。
亮太は撃たれた衝撃で階段から転げ落ち、頭を強打。そして、意識不明に陥る。

亮太は病院に運ばれるも、何日も意識不明のままだった。
結衣をはじめ、みんなが眠り続ける亮太を見守るしかない。
そこに京極が現れ、亮太の目を覚まさせる“特効薬”を持ってきたと言い出す。
それは、「卒業」を歌う斉藤由貴のDVDだった。
京極は、自分を30年の眠りから覚ましてくれた斉藤由貴の歌なら、
亮太も目覚めさせるに違いないと考え、
彼女に直訴して亮太のためだけに歌ってもらったという。
誰もがありえないと思いながらも斉藤由貴のDVDを流すと、奇跡が起こる。
亮太が覚醒したのだ。
しかし、京極たちが喜んだのも束の間、亮太は、すべての記憶を失っていた。

自分が何者なのかも、京極たちのこともまったく分からない状態の亮太。
京極は、亮太の記憶を取り戻そうと決意する。
亮太の前でこれまでの事件で遭遇した出来事を再現しようと、ふなっしーと再会したり、
ビル飛び越えジャンプを試みたりと、
あの手この手で亮太の記憶を呼び起こそうとするが、うまくいかない。

京極と亮太が銃撃戦を繰り広げた武装集団は、
「プロメテウス」という闇の武器ブローカーだった。
松浦はプロメテウス逮捕のために記憶を失った亮太を利用しようと考え、
亮太に捜査を続行させると言い出す。
大反対する京極に対し、亮太は捜査に加わりたいと希望。
亮太は松浦と組むことになり、京極と亮太の最強バディは解散の危機に…！

京極と亮太は、松浦、若山とともに、神野に呼び出される。
神野によると、京極たちが麻薬組織「リアルマンティス」を逮捕したことで
警視庁の組織犯罪対策部部長・明神が手柄を横取りされたと怒っているという。
神野は明神から、その腹いせとして過去の不祥事を暴露すると脅されていた。
京極たちは神野に、明神が握っている神野に関する秘密の書類を
警視庁に忍び込んで盗み出すよう命じられる。
渋る京極たちに神野は、言うことを聞かなければ京極たちの秘密を暴露すると脅す。
京極たちは、仕方なく神野の命令に従うことに。

警視庁に忍び込む方法はないかと考える京極に対し、
完璧なセキュリティの警視庁に忍び込むのは不可能だと言い切る松浦。
京極は、またしても奇想天外なアイデアを思いつく。

おとりを使って明神を執務室からおびき出し、
隣のビルから何とか警視庁に忍び込む京極たち。
京極と松浦は清掃員になりすまし、明神の執務室へ。
警視庁の刑事になりすました若山と、女性警官になりすました亮太は、周囲を見張る。

京極と松浦は、明神の執務室に潜入。
「明神は大切な書類は緑の封筒に入れて保管する癖がある」と
神野から聞かされていた通り、部屋には緑の封筒があった。
京極と松浦は、その封筒を手に入れるが…。