正体不明のテロリストが国家に牙をむく！
ターゲットは、親の権力に守られ、罪を免れてきた政治家の息子！
公安機動捜査隊特捜班が、次々に起きる規格外の凶悪事件に立ち向かう！

元自衛隊員の稲見朗と、元公安の捜査員・田丸三郎が所属する
公安機動捜査隊特捜班は、警察庁警備局長・鍛冶大輝直轄の秘密部隊。
常識では計れない事件に脅かされる現代で、各分野のスペシャリスト5人が集結し、
国家に危機をもたらす政治的事件やテロを秘密裏に捜査し、解決を図る。

ある日、高層ビルが立ち並ぶ広場に、
首に爆弾を巻かれた宇田川圭介が現れ、辺りは騒然となる。
現職の外務大臣の息子である圭介は、
これまで薬物や傷害など数々の罪を犯してきたが、
親の権力によって逮捕を免れてきた、いわくつきの人物。
犯人は、息子の罪を隠ぺいした外務大臣に、夜のニュース番組での公開謝罪を要求。
さもなければ、公衆の面前で圭介を処刑するという。

鍛治からの指令を受けて、
現場に急行した稲見や田丸、樫井勇輔、大山玲ら特殊班のメンバー。
親の加護のもと、やりたい放題の圭介に反感を抱きつつも、
班長・吉永三成の指示で実行犯の逮捕に向けて動き出す。

タイムリミットが刻々と迫るなか、稲見と田丸は事件の鍵を握る人物に接触。
そこで、ある驚きの事実を知ることに。
さらに稲見は犯行現場に関して“ある疑問”を抱いて――。

田丸に“国家の危機”を訴えたフリージャーナリストが謎の中毒死！？
真相を追う田丸と稲見には殺し屋が襲いかかり、息つく暇もない激しい攻防戦に！
やがて見えてきたのは、政府の要人の黒すぎる思惑で――！？

ある日、田丸は外事警察時代に知り合ったフリージャーナリストの男から、
「国家の危機に関することで話がある」と連絡を受け、会う約束をする。
しかし、待ち合わせ場所に現れた男は田丸の目の前で何者かに毒物を注射され、絶命。
特捜班は、身の危険を感じていた男があらかじめ田丸に送った1枚の写真と、
死ぬ間際に口にした「アリス」という言葉を手掛かりに捜査に乗り出す。

写真には、ごく普通の一軒家が写っていた。
吉永は樫井と大山に家の特定を急がせるとともに、
田丸と稲見には殺された男の自宅を捜索するよう指示。
しかし、稲見に見張りを任せて、一人部屋へ入った田丸は、
男の遺品を持ち去ろうとしていた侵入者と鉢合わせ。
突然の攻撃に必死で応戦するも、一瞬の隙をつかれて取り逃がしてしまう。
やがて、田丸の異変に気付いて駆けつけた稲見は、侵入していた男が殺し屋だと察知。
激しい攻防戦を繰り広げるが……。

何者かがジャーナリストの死因を隠ぺいしようとしていることから、
特捜班は今回の一件に政府が関与しているとにらむ。
そしてようやく写真の家を見つけ出すが、そこに人が住んでいる気配はない。
不審に思った吉永が近所の住民に話を聞くと、
住んでいた家族は数日前に突然引っ越したことが分かり――。

白昼堂々の議員襲撃事件発生！
犯人は権力の悪用を断罪する謎のテロ集団“平成維新軍”。
稲見と田丸に向けられる敵の銃口……特捜班とテロリストの闘いの行方は！？

贈収賄事件に関与した疑惑の議員が、
顔を隠した3人組の男らに襲われ、報道陣の目の前で射殺された。
直後に犯行声明を出した“平成維新軍”は、
この先も権力を利用して私腹を肥やす者たちを排除すると、テロの続行を宣言。
特捜班は犯人を逮捕してテロを未然に防ぐよう命じられる。

班長の吉永から、襲撃犯が使用していた特殊な拳銃をたどって
実行犯を洗い出すよう指示された稲見と田丸は、
銃器マニアの暴力団組長が同じ型の拳銃を買い集めていたとの情報を得る。

裏取り捜査を進めると、やはり使われた拳銃は組長が所持していたもので、
しかも保管していた拳銃はすべて組長の息子の譲に盗まれていたことがわかる。

そして、譲は少年院を出所後に人が変わり、
「社会のシステムを変えてやる」と言っていたという組長の証言から、
稲見は何者かが譲をそそのかして、
今回のテロ行為に及ぶよう誘導したのではないかと考える。

やがて譲の潜伏先を突き止めた特捜班は、拳銃を装備して現場へと向かう。
吉永、樫井、大山が建物の周囲を固め、稲見と田丸が部屋へ近づくと、
ちょうど外出しようとしていた譲に出くわす。
次の瞬間、譲は部屋の中の仲間に「逃げろ！」と叫び、同時に素早く拳銃を抜き、
近づいてきた稲見と田丸に銃口を向けて――。

ある日、稲見や田丸が所属する特捜班は、
大学で航空宇宙工学を専攻する有馬丈博教授の身辺警護を命じられる。

しかし、有馬に関する詳しい情報は与えられず、分かっているのは、
すぐにでも命を狙われるような危機的状況にあり、一週間後に出国するということだけ。
大学の研究室を訪れた特捜班に対して、横柄な態度で接する有馬。

同じ頃、大学の構内には
護衛のついた有馬を険しい表情で見つめる石黒の姿があった――。
翌朝、有馬とともに大学へ到着した稲見は、研究室付近で何やら不穏な空気を感じる。
すると、樫井が爆薬の臭いを嗅ぎつけ、研究室内に爆弾が仕掛けられていると察知。
注意を促すが、有馬はそれを無視して部屋のドアを開けてしまい、
その瞬間、激しい爆音とともに研究室は破壊されてしまう。

現場近くのエレベーターホールでは、拳銃を手に待ち構える石黒の姿が。
その裏をかいて、なんとか建物の外に脱出した3人。
しかし、向かった駐車場には、もう一人の暗殺者・石立が潜んでいて、
稲見は石立と激しい攻防を繰り広げる。

事態を受けて、吉永は鍛治に今回の任務の背景を問い詰める。
鍛治はミサイル実験に力を入れるある国が、
有馬の優秀な頭脳を狙って拉致を画策していると明かすが、吉永は腑に落ちない。
暗殺者を割り出すため、大山は前科者リストをチェックするが、
稲見は「あいつらは前科者とか、そういった種類の人間じゃない」と、
男たちが暗殺のプロだと確信していて――。

暴行罪を装って警察の留置場に潜入した稲見は、
暴力団員の沢田に接近し、興味を引くことに成功する。
実は、沢田が所属する仁愛工業は、
政治献金のからくりを巧みに利用して政治家たちを恐喝している疑いがあり、
今回、その証拠集めを命じられた特捜班。
稲見は、初めてとなる潜入捜査を任されていた。

しかし、沢田に気に入られ、仁愛工業の幹部らとも顔を合わせた稲見は、
彼らがそんな狡猾な連中とはどうしても思えない。
さらに、次第に人を騙すことに罪悪感を抱くようになってしまう稲見。
田丸は、そんな稲見にかつて自分が潜入捜査をした時の経験を話して聞かせる。

その頃、鍛治は官房長官の神谷に呼び出され、
今回の特捜班の任務について、ある指示を受けていた――。

晴れて仁愛工業の一員として認められた稲見は、
沢田から薬物の取引があると教えられる。
会長の護衛として稲見も同行することになるが、取引の報告を受けた警察上層部は、
チャンスにも関わらず、なぜか直前で摘発を見送るという。
危険な取引に身を置く稲見を案じて、吉永、田丸、樫井、大山ら特捜班のメンバーは、
稲見を追尾して取引現場へと向かうが…。

11年前に地下鉄車両内で無差別爆弾テロを起こし、
容疑者として指名手配されていた里見修一が、都内のコンビニに突如姿を現す。
里見が再びテロを計画しているのではないかと危惧し、里見の逮捕に躍起になる警察。
鍛治も、警視総監の乾 陽一から特捜班をうまく使うよう圧力をかけられる。

その頃、とある地下鉄の駅構内には、
当時テロを計画したカルト教団の信者・羽田の姿が。
羽田は駅に厳戒態勢が敷かれていることを確認すると、
警察から身を隠している里見の潜伏先へと向かう。

特捜班のオフィスでは、大山がネット上にワナを張り、
早くも里見の居場所を突き止めていた。
吉永から指示を受けた稲見と田丸は早速現場へ急行。
車でアジトを出た里見らを、待ち構えていた稲見と田丸が追跡を開始。
しかし、その動きを察知した里見らは巨大なホームセンターへと逃げ込む。
追いかける稲見と田丸の前に里見を守ろうとする羽田らが立ちはだかり、
激しい攻防戦を繰り広げる。
その隙に里見は現場から立ち去り、形跡一つ残さず姿を消してしまう。
そのあまりに完璧な逃亡ぶりに違和感を覚えた稲見は、
「何か知ってるんでしょ？」と田丸に問いかけて…。

テロリスト集団・平成維新軍がテロを思わせる犯行予告を出し、
鍛治は警視総監の乾から特捜班をフル稼働させて阻止するように命じられる。
しかし、平成維新軍の標的は不明で、手がかりもゼロとあって、
稲見や田丸ら特捜班メンバーも今回はテロを未然に防ぐ手立てが思い浮かばない。

そんななか、ハッカーだった頃に
平成維新軍の前身と思われる組織に所属していた大山は、
犯行予告に記された一節が、以前、自分が仲間の一人に教えた言葉だと指摘。
“坂本”と名乗るその人物の素性はおろか、性別すら知らないが、
当時、偶然手に入れたメールアドレスを元に本人の居場所を特定できると言う。

大山が調べた情報によって、特捜班は坂本を拘束。
一見ごく普通の高校生に見える坂本は、
吉永の取り調べに表情一つ変えず、無言を貫くが、
大山が“岡田”を名乗っていたかつての相棒だと分かると、徐々に口を開き始める。

そして、権力を持つ大人に深い憎悪を抱いていることが判明するも、
平成維新軍によるテロ計画については決して口を割らない。

さらに、大山は自宅から押収した坂本のパソコンから情報を抜き取ろうとするが、
パスワード解析が一向に進まない。

このままでは予告通りテロが起きてしまう――。
一度は諦めかけそうになるも、稲見が発した“ある言葉”を受け、
意を決して再びパソコンに向かった大山は…！？

公安の協力者として新興宗教団体“神の光教団”に潜入している林智史から、
妻の千種を介して「重大な情報を手に入れた」と連絡を受けた田丸。

数日後、極秘裏に林と会った田丸は、
教団が画策しているテロの情報を教える代わりにスパイを辞めたいと
取引を持ちかけられ、動揺する。
任務から解放されれば、林は千種の元に帰ることになるからだ。

さらに林は、テロを阻止した後、
自分たち夫婦を保護すると、事前に覚書を交わしてほしいと要求。
田丸から話を聞いた青沼はその条件を承諾するが、
一方で、田丸と千種の関係を不安視していた。

林の情報によると、テロの決行は2日後で、標的は文部科学大臣。
青沼からテロ情報の報告を聞いた鍛治は、
意味深な表情を浮かべながら特捜班に警備を一任することを決める。

テロ決行当日、稲見はいつもとどこか違う田丸の様子が気に掛かる。

その頃、大臣が登壇予定のイベント会場には、
“神の光教団”の元信者がカバンを手に身を潜めていた。
そして大臣が到着すると、警備の目をかいくぐり、会場内で歩みを進める大臣に急接近。
カバンの中から何かを取り出そうとするが、次の瞬間、
駆けつけた稲見と田丸によって間一髪拘束される。
大臣の危機を未然に防ぎ安堵したのもつかの間、
男からカバンを奪い取って中身を確認した田丸は、教団の真の狙いに気づき、
ぼうぜんとその場に立ち尽くしてしまい…

「あなたの力でこの国を変えてみませんか」と
教会で謎の男に声をかけられた田丸。
林の一件で国家への信頼が薄れかけていた田丸は、心を揺さぶられる。

一方、稲見は自衛隊時代の同期で、
当時仲の良かった結城雅が二週間前に突然姿を消し、
捜査対象になっていると聞かされる。

鍛治から、結城が現れたらすぐに連絡するよう命じられる稲見。
するとその日の夜、結城が稲見の前に姿を現す。
久々の再会を喜び、互いの近況を話し合う2人だったが、
「俺はゆがみきった世界を正すつもりだ」という結城の言葉に、
稲見はかつて国のために活動を共にした仲間が
何らかの理由でテロを計画していると察知。警戒心を強める。
そして、2人の間に不穏な空気が流れるなか、
結城は手を組まないかと稲見を誘う。

翌日、結城が起こしたある行動により、
特捜班は正式に結城逮捕の任務を与えられる。
しかし、相手は優秀な特殊部隊員。
稲見をオトリにした作戦を実行するも、そう簡単に姿を現さない。
このままでは埒があかないと踏んだ稲見は、鍛治の元を訪ね、
結城が自衛隊を抜け出した理由、そして彼の標的を教えてほしいと頼む。

しかし、鍛治はかたくなに口を閉ざし、もし結城が銃口を向けてきたら、
ためらわずに国家の秩序のために射殺するよう稲見に命じて…。

その頃、内閣総理大臣の岸部正臣は、
アメリカに留学している息子の大介が帰国したがっていると聞き、
渋い表情を浮かべていた――。

稲見の自衛隊時代の同期で、特殊部隊員の結城が隊を抜け出し、
テロを企てていることが判明。
鍛治は結城の射殺を辞さないで任務にあたるように命じるが、
稲見はかつての仲間に銃口を向けることをためらう。

そんな稲見の気持ちをよそに、結城は特捜班のオフィスに侵入し、
大山を脅して閣僚の個人情報を入手。 さらに、パイプ爆弾を使って、
駆けつけた特捜班のメンバーもろともオフィスごと吹き飛ばし、宣戦布告。
怒りに震える稲見は、結城と戦うことを決意する。

やがて、大山が仕掛けたワナから結城の居場所を突き止めた特捜班。
現地へ向かった稲見は自らの命と引き換えに結城を制止しようとするが、
間一髪のところで田丸に助けられる。

特捜班のオフィスでは、
大山が入手した結城のパソコン内のデータから、あるものを見つけていた。
テロの動機解明につながるかもしれない――誰もがそう思った矢先、
吉永の元に結城が総理大臣の岸部を狙撃したとの情報が飛び込んでくる。
早速、稲見は田丸と現場へ急行するが、現場の状況にはある違和感が。

そして2人が結城の真の狙いに気付いた直後、
特捜班は鍛治から直々に呼び出され、「新しい任務がある」と告げられて…。

はたして、結城のテロ計画の裏に隠された真実とは!?　
「この国の、未来のために」。規格外な敵を前に、稲見はどう立ち向かうのか。
そして、激しい闘いの末、最後に特捜班を待ち受けているものとは――!?