その殺し屋は、雨とともに現れる――

折壁嵩男は元外科医の殺し屋。
医療の知識を駆使し、証拠を残さず、
法で裁けない悪人を闇へと葬り去っていく。
相棒は弁護士の横倉義實。
彼が嵩男に殺しの依頼を持ってくる。

ある日、嵩男は中学生の浦野美鈴から
母の再婚相手の法医学者・浦野玲哉を
半殺しにしてほしいと依頼を受ける。
弟を溺死に見せかけて殺した理由を聞き出すことが目的だという。
嵩男は依頼を引き受けることをためらうが、
着手金はすでに払い込まれ済みと横倉から説明される。
美鈴が払える額ではないのだが…。
玲哉の周辺を調査した嵩男。
玲哉が金銭目的でどんな解剖もこなす
倫理観のない解剖医であることを確信し、
美鈴の依頼を受けることを決意する。

さらに、嵩男は美鈴の背後に何者かがいると感じ、
美鈴を尾行したところ、ある児童養護施設にたどり着く。
美鈴と親しげに話していたのは、施設の責任者、花井環。
環は居場所がない子供たちを積極的に保護する活動を続け、
メディアでも度々取り上げられている篤志家だ。
環の素晴らしい人間性に触れた嵩男は、
いつになく心が温かくなるのだった。

同時に、この施設で忘れられない昔の恋人、
梶睦子と再会した嵩男。二人との出会いによって、
嵩男の中で止まっていた時間が動き出す。
嵩男は大学病院の優秀な外科医から、
なぜ殺し屋に転身したのか…？
睦子を忘れられぬ事情とは…？嵩男の過去と共に、
彼自身を取り巻く医療の巨大な陰謀が明らかになっていく。