魁皇高校の卒業式まで、残り10日。
あとは卒業を待つのみとなった生徒たち。
冬から春へ季節を変え始めたこの時、
高校生活という一つの舞台は平穏に幕を閉じていく。

……はずだった。

3年A組の扉が開く。
担任の美術教師：柊一颯は、教卓の前に立ち、いつもと変わらぬ表情で、
29人の生徒に衝撃的な一言を言い放つ。

「今から皆さんには、人質になってもらいます」

ポカンとする生徒たち。
そしてそれはやがて嘲笑へと変わる。
一部の人間が呆れて帰ろうとする。
が、教室の扉には一颯によって特殊な鍵が取り付けられ、
自由に開けられなくなっていた。

そしてその時、廊下の外から突然爆発音が！
一颯が仕掛けた爆弾が爆発したのだ。衝撃の一同。
この爆発によって3年A組は孤立し、完全に閉じ込められてしまう。
一颯は「これから、俺の最後の授業を始める」と生徒たちに告げ、
数ヵ月前に3年A組のある生徒が自殺したその理由を答えるようにと求める。
その答えを夜8時までにみんなで導き出し、
不正解の場合は誰か一人に死んでもらうと宣告する。
そして彼は、クラスの代表として回答役に学級委員の茅野さくらを指名する…。

―――なぜ、一人の生徒は自ら命を失う事を選んだのか。
なぜ、一人の教師は『人質事件』という方法をもって
『最後の授業』を行うと決断したのか。
生徒たちの想いは、そして抱えるその『秘密』とは。
謎が連鎖し絡み合う、衝撃の学園ミステリー。ここに開幕。

一颯が魁皇高校3年A組の生徒たちを人質にとって立てこもってから
一夜が明けた。
瀬ヶ山署の郡司は、一颯の身辺を調べ始める。
一颯が以前勤めていた学校を訪ねた郡司は、
彼の意外な「正体」を聞かされることになる。

3年A組の生徒たちは、
ある生徒の自殺の理由について一颯に“正解”を答えられないまま、
一颯の命令に従うしかなかった。
この日も一颯は生徒たちに、最後の授業として第二の問題を投げかける。
澪奈の自ら命を落とす直前、そのきっかけとなったともいえる、
「ある動画」がSNS上に投稿されていた。
しかし、その動画は一部分を故意に加工されたフェイク映像だという。
そして、この3年A組の生徒の中に「投稿者」が存在するということを断言する一颯。
またも「夜8時までに名乗り出なければ、この中の誰かが死ぬ」と言い渡す。

緊迫した空気。
クラスの中に確実に存在する犯人。
謎は疑惑を呼び、生徒たちはそれぞれの思いを抱え、動き始める―――。

2日目の3年A組に暴かれる「真実」とは……。

警視庁理事官である五十嵐は、ついに一颯と対面。
が、五十嵐が盗聴器を付けていることを察した一颯は、拳銃を突き付けて――。

一颯の本日の授業は澪奈を陥れたフェイク動画を「撮影した」
3年A組の生徒は誰なのかというもの。
しかしいつもとは違い、その犯人の特定を生徒たちではなく郡司に命じる

そして、指定した時刻までに動画撮影者を見つけられなければ
教室内の5人の生徒の命を奪うと宣言。
世の人々は一斉に警察の動きに興味を向ける。
郡司が捜査を進めると動画には、
水泳部のジャージを着た人物が映っていたことが判明する。
同時に生徒たちの間では、水泳部員の花恋に疑いがかかる。
彼女は、動画に映っているのは水泳部マネージャーの真壁かもしれないと反論する。
澪奈、花恋、真壁はかつて、水泳部の仲間として親しくしていた。

そんな中、郡司のもとに3年A組の生徒を名乗る人間から連絡が入る。
その生徒の協力を得た郡司は、
フェイク動画を撮影したと思われる生徒を特定するが…。

澪奈の死の鍵を握る疑惑のフェイク動画撮影者は、里見だった。
しかし、その動画の撮影を指示した人間は別にいる……。
一颯は、その正体が誰なのかと生徒たちに尋ねる。
勿論、誰も名乗り出るはずもない……と思った矢先、挙がる一人の手。
その手の主は甲斐だった――。

甲斐が罪を認める中、一颯は甲斐の後ろに更なる黒幕がいるはずだと追求する。
だがそれを認めない甲斐。
すると一颯は甲斐が真実を明らかにしなければ
次は10人の生徒が犠牲になると告げる。戦慄する3年A組。
甲斐から情報を引きだそうとする生徒たち。
だが、口をつぐむ甲斐にさくらは自らを奮い立たせ、甲斐に言葉を投げかける。
しかしそれでも何かを語ることはなく、一人教室を出て行く甲斐。
だが、そのさくらの勇気に心を動かす生徒が現れる。
次第に、動き出す教室内の空気。

そして、夜8時が近付く。
いら立った男子生徒が甲斐に迫り、3年A組は一触即発状態に。
甲斐は一颯に「お前が勝ったら洗いざらい吐いてやる。
ただし、俺が勝ったらみんなを解放しろ」と、闘いを挑む。
一颯が3年A組に放つ、魂の授業とは――。

一颯が倒れた―――。
それから約2時間後、時刻は3月4日午後10時30分から物語は始まる。

一颯を心配するさくららの一方、
その隙を見て生徒たちは手分けして脱出方法を探り、
閉ざされていた美術準備室の扉を破ることに成功。
そして彼らは没収された携帯電話やカバンを回収し、
外部との連絡手段を獲得する。
様々な人間からの生存報告、そして一颯が倒れたという情報が瞬時に拡散していく。
その報を聞いた警察は動きだし、SITの突入を決意する。……突入まで時間はない。

そんな中、美術準備室の床から下の階の教室につながる扉が開き、
殺されたはずの中尾、里見、西崎、瀬尾、瑠奈、美咲が見つかる。
まさかの事態に喜ぶ生徒たち。
しかし、なぜか神妙な面持ちの里見たち。
彼らは、脱出を試みようとする生徒らに
「自分たちは学校から出るつもりはない」と告げ、
さらには「先生と一緒にこのまま学校に立てこもってほしい」と他の生徒に訴える……。
その真意とは。

たった55分間の激動の物語。
争いと葛藤。彼らそれぞれが取る、選択とは……。
―――この1時間が、「3年A組」の大きな岐路となる。

澪奈を死に追いやった動画の作成を半グレ集団・ベルムズに依頼した
悪の根源は、なんと魁皇高校の教師であるという疑惑が沸き立つ。
様々な憶測が飛び交う中、一颯は自身を撮影した動画をSNSに投稿し、
さらに3年A組全生徒の生存が確認出来る写真をアップロードする。
生徒殺害の疑惑は消え去り、ますます一颯の狙いが分からなくなる世の人々。
と、世間では一颯が実は澪奈の死の真相を暴こうとしている
ヒーローではないかという意見が生まれ始める……。

一方、死の恐怖から解放されたと思っていた生徒たち。
だが一颯は教師陣に向かって
フェイク動画の作成を依頼した人物に名乗り出るよう要求した後、
夜8時までに名乗りでなければ教室を爆破すると宣言。驚くA組生徒たち。
話が違うと責め立てる生徒に向かって一颯はいつもと変わらぬ表情で、
その覚悟が揺らがないことを話し、再び携帯電話などの通信手段を回収し始める。
事件初日と同じ光景に戸惑いの空気が流れる教室。
と、さくらだけがあることに気付き―――。

一颯に名指しされた犯人教師の名は、武智大和であった――。

澪奈を陥れるフェイク動画の作成を依頼したのは武智だと一颯が告発したことにより、
世間の声は一斉に武智に向き始める。
しかし、完全潔白を主張する武智。
一颯は、夜の8時までにすべての罪を自白することを勧告し、
さもなければ武智にとって“一番大事なもの”を奪うと言い渡す。

そして教室では一颯が生徒たちに、澪奈が命を落とした当日の映像を見せる。
その映像には亡くなるその日に
「フェイク動画の犯人に会いにいく」と告げていた澪奈の姿が映されていた。
さらに、世の中に流れている澪奈の死の当日の防犯カメラ映像とみられる動画を
教室内で公開し、そこに澪奈と共に怪しい男性が映されていたことが分かる。

……だが、いつもと違うのは決定的な証拠や確証がそこにはないということ。
武智への疑惑が深まる中、瀬尾と華が異議を唱える。
一颯は生徒たちに、澪奈と一緒に映っている人物が武智なのか、
それとも別人なのか、映像を解析して見極めるようにと告げる。

名指しされた犯人教師。
一颯の狙いとは。
この事件の真相とは――。

警察で取り調べを受ける武智は、無実を訴え呟く。「僕は何も悪くない…」。
しかし、既に世間ではSNSの人間によって解析された
武智の殺人疑惑の証拠となる動画が拡散され、
武智の悪事を暴いたものたちの勝利宣言で溢れかえっていた。

ついに澪奈の死の原因となったフェイク動画の真相にたどり着いたと思う
3年A組の生徒たちは未だ解放されない理由を一颯に問う。
すると一颯は澪奈の死の原因はこれがすべてではないと告げ、
むしろこれからが「本番」であると突きつける。
戸惑う生徒たちに一颯が与えた次なる課題は……「自習」。
回収していた鞄や携帯電話を返却し、今日1日を思い思いに過ごすようにと告げる。

一方、郡司は、一颯の真の目的を突き止めるため、文香を訪ねる。
郡司は文香の話から、武智の背後にいる人物が誰なのかを知る。
捜査が進み、武智が澪奈を殺害した犯人という証拠が固まっていく。
武智はまもなく自供すると思われたが……。

そして、自習を進める教室の中、瑠奈が武智の動画を見返していると、
とある驚愕の事実に気付いてしまう――。

この物語の「本番」が始まる。
真の謎、真に伝えること、その行く先とは――。

一颯と郡司の前に謎のヒーローが現れた――。
そして物語は一度時を変え、数年後の3月9日へ。

3年Ａ組の生徒たちがそれぞれの人生を歩み、
再びこの教室へと集まってきた。
懐かしむ一同の前には一枚、一颯の「遺影」が飾られていた。
彼らが集まった理由。
それは、亡き一颯の三回忌であった――。

そこで、逢沢が撮影してきた景山澪奈の
ドキュメンタリー映像の全容が流されることになる。
次々に明らかになる澪奈の真実。
その映像に映し出される澪奈の本当の想いとは――。
そして時は生徒たちが高校3年生である、元の3月9日へと戻る。

一颯は、郡司を人質にとった後、意識を失ってしまう。
SNSでは武智が澪奈を殺した犯人とされて炎上が続き、
マスコミは武智を追いかける。
そんな中、ある人物が一颯が作ったフェイク動画をSNSに投稿する。
武智糾弾の流れはその動画により一颯真犯人説に形を変え、
一斉に矛先を変えていく。

その状況を見つめていた生徒たちが狼狽する中、
目を覚ました一颯が教室に現れる。
そして、一颯は3年A組に向かって、
「全ての真実を話す授業」を始めることになる――。

一颯が、郡司を人質に取り、マシンガンを突き付けて校舎の屋上に現れた。
世間の人々はこの一颯の凶行に注目する。
とある街角、とある店の中、とある家で、この事件の行く末を見届けようとする。
そして、翌朝の８時にマインドボイスのライブ中継にて
全ての真相を話す……と語った瞬間、一颯の胸に銃弾が突き刺さる。

果たして、この物語の最後に待ち受ける本当の衝撃的展開とは――。
本作が目掛け続けたこと、伝えたいこと、その全てが詰まった最終回。

一颯が、一颯を取り巻く人物たちが、立ち向かおうとした相手は誰か――。
彼が「変わってくれ」と願ったその意味とは何か――。
これまでの謎がすべて解き明かされ、そして一つの「目的」に集約されていく。
3年A組が迎える運命の10日目。