警視庁警備部警護課セキュリティポリス（通称：SP）の不破武志は、
薬物乱用対策推進担当大臣・芥川義和の警護に当たっていた。
しかし、自宅玄関から大臣専用車に誘導する瞬間、
銃声が響き芥川は頭部を撃ち抜かれた。妻・奈美恵の目の前で…。

あの事件から3年。街のはずれにひっそりと佇む古びた古書店に、
店主・菊子とテレビのニュースを見ている不破の姿があった。
画面には、薬物乱用対策推進担当大臣となった奈美恵が
記者会見をしている映像が流れている。
固い信念で危険ドラッグ撲滅に向け戦う奈美恵に反発する敵も多く、
SPの間では何人いても彼女を守り切れないと嘆かれていた。

そんなある日、奈美恵の後援会事務所で爆破事件が勃発。
ケガ人や巻き込まれた人はいなかったが、
同じ頃、奈美恵の自宅にライフルの銃弾が送り付けられ、
さらにはネットに「芥川奈美恵 次は殺す」といった脅迫が。
奈美恵の過激な言動が相手を挑発したのではと考えられ、
警護課は警備強化のためのSPの増員を決定した。

数日後、不破の元に、かつての同僚で現在は警護課課長の板倉がやってきて、
不破に復帰の話が出ていることを伝える。
警護対象者は芥川奈美恵大臣で、しかもそれも、奈美恵直々の指名だという。
考え抜いた末、不破はSPに復帰することを決心する。

復帰初日、不破は板倉や同じくSPの黛らと奈美恵のもとへ挨拶に行く。
不破を前にした奈美恵は自ら指名したにも関わらず非難の言葉を浴びせる。
さらに、「今度は私を見殺しにしてください」と…。
その言葉が何を意味しているのか分からず、不安になる不破。

その2日後、薬物依存者の更生施設「日本ドラッグケアセンター」の
完成記念式典に出席する奈美恵がセレモニー会場の裏口に到着した。
確認に確認を重ねステージへと奈美恵を誘導する不破たち。
その中で、不審な動きをする帽子を被った男を不破は見逃さなかった。
不破が その男を追おうとしたその時、背後から列席者の悲鳴が響いた。
そしてステージにいる奈美恵に…。

一方、奈美恵の事務所に
「麻薬NDKSに関して伝えたいことが ある」というメールが届いた。
奈美恵は、メールの送り主である“ヨコタ”と名乗る男とコンタクトを取り、
独断で会う約束をする。
不破たちは必死で引き留めようとするが「NDKSの情報は
どうしても手に入れる必要がある」と激しい口調で言う奈美恵。
その様子に疑問を抱く不破だったが、
待ち合わせ時間まで数時間しかなく、SPたちで警護することに。

約束の場所に現れた男は、組織犯罪対策部の東原らに身柄を押さえられ、
学生証から南波医科大学薬学部大学院生・横田修一と判明した。
来る途中に人とぶつかり転んだと話す横田は服の一部が汚れており、
なぜかずっと咳込んでいる。
その姿を不審に思った不破は、やがて彼に危険を感じ、
慌てて奈美恵を引き連れ現場から退避する。
横田との会話を望んでいた奈美恵は、不破に激しく怒りをぶつけるが…数分後、
横田の死亡が確認される。

その後の調べで、南波医科大学の薬学部で開発された新薬から
NDKSの成分が微量に検出されたことがわかる。
そして、防犯カメラの映像を確認したところ、横田がぶつかったのは
先日奈美恵が出席したセレモニーの会場で不破が見かけた男だった…。