警視庁内の資料を完全データ化することになり、
紙の資料は倉庫で一元管理することが決まった。
倉庫への移送に同行することになったのは、
資料係と専従捜査班の刑事を兼務する野々村拓海。
拓海は庶務係の加山一彦、河本春夫とともに
トラックに乗り込み、倉庫に向けて出発する。

走行中、路上で倒れている男を発見し、トラックが急停車。
心配した拓海が急いで駆け寄ると、倒れていた男が突然起き上がり、
催涙スプレーを浴びせる。
さらに突然現れたもうひとりの男に、加山と河本も襲われ…。
催涙スプレーの男がおもむろに取り出した拳銃で河本が被弾する。

資料係長兼専従捜査班長の片桐正敏の指揮で、
天樹悠、海老沢芳樹、水田環、青山新ら専従捜査班のメンバーが、
移送トラック襲撃現場に臨場。
その後、雇い主にトラックを引き渡そうとしていた犯人が
いともあっさり逮捕されるのだが、インターネットで雇われただけで
詳しいことは知らないまま襲撃に及んだということが判明する。

一方、トラックを調べていた天樹は、
資料が1箱だけ盗まれていることに気づく。
しかも、その資料は「0A」と呼ばれる、データ化の必要のない
解決済みの事件や事件性のない事故事案ばかり。
また、トラックの側面には白い塗料で謎の数字が書き殴られていて…。

そんな中、専従捜査班は法務大臣・高木慎一郎の
息子が誘拐された事件を極秘捜査することに。
現場に残されていたランドセルに、
トラックと同じ塗料で別の数字が書かれていたことで、
関連性が疑われたのだ。また、
母親のもとには「真実は一つだ」という電話がかかってきて…。

捜査を進めるうちに、天樹は
高木が検察官時代に担当した事件の資料が
「ゼロA」に入っていたことに気づく。
犯人からの連絡に高木や専従捜査班が振り回される中、
当時の事件の関係者が遺体で発見される。
その遺体の解剖を担当した法医学教授・堂本俊太郎は、
「犯人の強い恨みを感じる」と天樹に告げる。

さらに、専従捜査班をあざ笑うかのように新たな誘拐事件が発生。
現場に残されていた自転車には同じ塗料で別の数字が書かれていて…。
現場に残された数字の意味は…？
すべての事件は「ゼロA」に関連するのか…？
専従捜査班が時間をさかのぼって事件の真相を追う――！

法務大臣・高木慎一郎の隠し子、
教育委員会の元教育長・小林孝之の孫の誘拐事件が解決しないまま、
3件目の誘拐事件が発生する。さらわれたのは、
過去に殺人事件の被疑者の精神鑑定を手掛けていた
大学教授・木下幸二の孫。しかし、今回の現場には、
前2件のように白い塗料で書き殴られた
不可解な数字は残されていなかった…。

一方、殺害された小林の解剖を手掛けた法医学教授・堂本俊太郎は、
胃の中からプラスチック容器に入った黒い紙を発見。
そこには白いペンで数字が書かれていた。
専従捜査班の天樹悠（らは、
この数字が木下の孫を誘拐する犯行予告だったのか…!?と、
首を傾げる。

2件の誘拐事件を調べると、
過去に高木と小林が保身のために冤罪をでっち上げ、
真相を闇に葬っていたという事実が判明。
その事件の真相を公にし、
真犯人を粛清する殺人事件が続いていたため、
木下が過去に精神鑑定を担当した事件にも
隠された真実があるのではないか…と考えた天樹は、
1件の裁判記録を入手する。
これは、3年前、帰宅途中の女性・本条美和が
廃墟に連れ込まれ殺害された通り魔事件の記録で、
それによると、木下が行った精神鑑定が採用され、
被告人・村上雅人が無罪になっていた。
しかも、その日にちは小林の胃から出てきた数字だった――！

一連の犯行は、遺族による復讐ではないかとにらむ
水田環と青山新は、通り魔事件の被害者の父・本条健一のもとへ。
しかし、前2件の被害者遺族・原田國広、大河内貞夫と同様、
本条にも鉄壁のアリバイがあった…。

偽造パスポートを所持した男の遺体が見つかった。
天樹悠ら専従捜査班の調べにより、男の本名が山田和彦で、
殺害前日に複数国を経由して
リオデジャネイロに行く航空券を購入していたことがわかる。
その複雑な経路に加え、年間20回以上もの渡航歴などから、
山田は密輸組織に関係していて、
高飛びしようとしていたのではないか、という疑惑が浮上する。

野々村拓海とともに、山田の勤務先である
バイオマス発電の研究所に向かった天樹は、
そこで目にした集合写真の日付に引っかかる。
捜査資料「ゼロA」が強奪されたトラックに書き殴られていた数字
「18820」だったのだ――！
さらに、その写真に写っている女性に見覚えがある天樹…。

研究所の所長・中西由紀夫から、その女性は研究所を支援している
NPO法人「WIND」の秘書・田中玲子だと教えられるが、
その後記憶をたどった天樹は
3年前に退官した所轄の刑事・室井沙織と断言。
退官2日後に田中玲子と名前を変え、「WIND」に入社していることや、
その後突然行われ失敗に終わった研究所への家宅捜索は、
公安の任務で潜入捜査した
沙織が入手した情報によるものではないかと考えた天樹は、
それならば自分たちが表立って動くと
任務に影響が出るかもしれない…と危惧する。

正面突破できないのなら裏から…水田環の提案で、
研究所に青山新が、「WIND」に環が、
そして研究所に出入りのある海運会社に拓海が潜入することに！

「WIND」に潜入した環は、
沙織がフランス支局長を務めているという情報を入手。
さらに、代表・釜本久志の部屋に盗聴器を設置しようと試みるが、
疑いの目を向けられてしまう。
また、青山は研究所に突然立ち入り禁止エリアができたことに
疑問を感じ…？

一方、沙織の実家を訪れた天樹、
入国管理局に問い合わせた海老沢芳樹の調べにより、
沙織が出国した記録はなく、研究所への家宅捜索と時を同じくして
母への連絡も途絶えていることが判明する。
姿を消した沙織、失敗に終わった家宅捜索――
環らが潜入捜査を続ける中で、沙織が「WIND」に寝返り、
山田の殺害にも関与している可能性が浮上するが…？

そんな折、拓海が潜入中の海運会社が
研究所に発電の材料を届ける日に、
「WIND」の釜本も視察に訪れることが発覚。
関係者が一堂に会することを知った天樹らは、
その日にある仕掛けをすることを決意する。
沙織の行方、何かを企てている研究所と「WIND」の真の狙いとは…？
そして危険な潜入捜査を続ける専従捜査班の運命は――？

5歳の娘・凛と2人で暮らす柴田茜が自宅で刺殺され、
専従捜査班が臨場する。
部屋の壁には被害者の血液で描かれた「×」印が…。
さらに、凶器のナイフを持った被疑者と思われる男によって、
凛が連れ去られていた…！
クローゼットの中に、血のついたぬいぐるみが残されていたことから、
凛は母を殺した犯人を見ている可能性が高く、
天樹悠らは彼女の行方を案じる。

目撃者の証言から、被疑者と思われる男は
清掃会社に勤務する朝倉佑二と判明。
天樹が野々村拓海とともに朝倉のアパートに向かうと、
部屋の壁一面に、近隣で起きた事件記事の切り抜きが貼られていた。
また、水田環と青山新は、清掃会社の同僚から
「朝倉が下校中の女子高生をじろじろ見ていた」という証言を得る。
さらに海老沢芳樹の調べで、
“朝倉佑二”は偽名で、経歴もでたらめだったこともわかる。

一方、殺害現場に残されていた「×」印が引っかかっていた天樹は、
5年前、下校途中の女子高生が刺殺された
未解決事件の資料を引っ張り出してくる。
この事件でも被害者のそばに血で「×」印が残されていたのだ…！
さらに、この事件の被害者が通っていた高校に向かった天樹と拓海は、
卒業アルバムに写っている朝倉を発見、
彼の本名が“矢木俊平”だということを知る。
矢木は当時、非常勤の美術教師をしていたが、
事件の後しばらくして退職していた…。
そんな中、茜が児童虐待の疑いをかけられていたことがわかり、
海老沢が児童相談所へ。
海老沢は、児童福祉司の沼田正樹から、
茜が若い男につけられて悩んでいた、という話を聞き出す。

矢木は5年前の事件と今回の事件の犯人なのか…？
なぜ逃走する際、足手まといになるリスクを冒してまで
幼い凛を連れ去ったのか…。
さらに、5年前の事件の被害者と矢木の生い立ちに、
共通点があることが判明して…？
矢木の足取りを追う専従捜査班は、衝撃の真相に直面する――！

日々、事件に追われている専従捜査班に訪れた
つかの間の休日…にも関わらず、なんだかんだと資料係に
メンバーが集まってくる。
忘れ物を取りに来た野々村拓海の発案で、
天樹悠、海老沢芳樹、水田環、青山新は、急きょキャンプ場へ…！

到着した天樹らは、そこで出会った野上康二、悦世夫妻、
ミステリー研究会の仲間だという大学生・山波智喜らと、
一緒に食事をすることに。
楽しいひと時を過ごす一行だが、温泉水をくみに行った川崎慶吾が
青ざめた顔で戻って来るなり、倒れてしまう。
天樹らは救急車を呼ぼうとするが、なんと圏外、
さらに管理人の戸沢博之らと事務所に駆け込んだところ、
電話線が切られていた…。

一方、青山は『伝説が始まった』と書かれた看板を発見！
それを知った山波は、この村に伝わる伝説について語り始める。
昔、干ばつに襲われたこの村で、3人の若者をいけにえとして
神様に捧げたところ、恵みの雨が降って救われたというのだ。
しかも最近、伝説をなぞらえるようにこの村を訪れた人が
“3人”消えるという奇妙な事件が起きている、と…。

その後、単独行動をしていたソロキャンパーの笹沼一平が、
傷だらけで倒れているのが見つかる。
さらに、拓海も突然意識を失って…？

3人が被害に遭ったこと、キャンプ場の隣に住んでいる清田澄子の
「バチが当たったのよ」という言葉に、
やはり伝説になぞらえた事件なのか!?と、一行が騒然とする中、
重苦しい空気が漂う野上夫妻の様子から
過去の記憶を呼び起こされた天樹は、探し出した避難所から
片桐正敏に連絡。ある夫婦が刺殺され、
山中で見つかった25年前の事件を調べてほしいと頼む。
片桐の話を聞き、次々に起こっている不可解なできごとは、
単純な事件ではないと考えた天樹は、
専従捜査班のメンバーとイチから調べ直すことに…。
休日を返上して捜査を続け、天樹らが導き出した
不可解な事件の真相とは…？

スナックで働く女性・一色朱子が、自宅で腹部を刺され死亡。
天樹悠ら専従捜査班が臨場し、室内を調べていると、
血相を変えた野々村拓海が飛び込んでくる。
拓海が防犯カメラの映像を再生すると、慌てて立ち去る
血まみれの青山新が映し出される！
しかも、現場には青山のスマホが落ちており、
凶器の包丁に残っていたのは彼の指紋だけ。
さらに、ほかにこの部屋を訪れた人物はいない…と、
すべての状況が青山の犯行を指し示していることに、
コンビを組む水田環をはじめ、専従捜査班のメンバーはぼう然…。
追い打ちをかけるように、突然現れた捜査一課の今野誠司に、
捜査から外れるよう命令されてしまう。

殺人容疑で緊急手配が行われる中、
青山から専従捜査班に電話がかかってくる。
「記憶がない…」と助けを求める青山だが、
出頭するよう説得する仲間の言葉にショックを受け、
「自分で何とかする」と言い残して電話を切ってしまう…。

そんな中、凶器の包丁が被害者自身のものにも関わらず、
青山の指紋しか残っていないことを不審に思った天樹の
「誰かが意図的に青山くんの仕業にしようとしているようだ」と言う言葉に、
専従捜査班の面々は自分たちのやり方で真相を追う決意を固める。

捜査を続けるうちに、青山が2年前に起きた
女性暴行事件に関わっていたことが判明する。
しかも事件の被害者は朱子の娘・橙花。
橙花のストーカー・井鳥一馬の犯行が疑われたものの
証拠不十分で検挙できず、後に青山が井鳥を別件で逮捕していたのだ。
さらに、3カ月前から脅迫状や自分を付け回す人物に悩まされていた
朱子が、青山に相談していたこともわかり…？

時を同じくして、逃亡を続ける青山も井鳥のことを思い出していた。
自分と朱子に恨みをもっている人物は井鳥しかいない…
そう考えた青山は、情報屋・百田浩二のもとへ…。
百田に井鳥の出所後の足取りを追ってほしいと頼む。
自分を陥れようとしている人物に思い当たった青山の
次の行動を予測した天樹らは、井鳥の家へ向かうが、
さらに青山を追い込む事態がぼっ発して…。

一方、真相を追い求めて奔走する天樹らを横目に、
片桐正敏は何やら不穏な動きをしていた…。
はたして専従捜査班は、絶体絶命の危機に陥った
青山の疑いを晴らすことができるのか…!?

深い溝にはまって死亡しているホームレスの老人が見つかった。
被害者の老人が現場近くのタワーマンションの庭にあるベンチに
一日中座っていたという目撃情報を得た
専従捜査班の天樹悠、水田環、青山新は、
タワーマンションの住人に聞き込みを開始する。

佐藤和子という主婦が、マンションの過去の騒動について語りだした。
それによると元大学准教授の田中実が
未成年の女子学生を自宅に連れ込む写真を
SNSに投稿されてクビになり、
マンションを出て行かざるをえなくなったというのだが…。

天樹は、その画像が被害者の老人が座っていた
ベンチから撮影されたものだと気づく。
さらに、会社経営者の高橋清が
老人ともめていたという証言も出てきて…。
SNSを使って住人の弱みを握っていた老人が、
その報復で殺されたのではないか、という見方が強まる。

そんな中、和子がマンションの理事長で投資家の鈴木茂が
防犯カメラで住人を撮影し、気に入らない人を
追い出そうとしているのではないか、と言い始める。
和子の証言で、マンションの裏掲示板の存在を知った環は、
老人が鈴木から何かを受け取っている動画と、
2人がもめている動画を発見する。

一方、天樹は老人の素性をデータベースで照会。
すると、老人が30年前に妻子を殺害された事件の参考人として
事情聴取を受けていた“西村健一”と判明する。
30年前の西村は、福岡県で不動産会社を経営して大もうけ、
派手な暮らしをしていた。さらにその財力で市政にも関与するなど、
何かと黒いうわさが絶えない人物だったことがわかる。
しかし西村は、妻子を失って以降、消息を絶っていた。
西村が自分の妻子に手をかけたという疑いも残る中、
事件は現在も未解決で…。

天樹は、順風満帆な日々を送っていた西村が、
妻子を殺されるという災禍に見舞われて以降、
どんな人生を歩んできたのかを知ることで、
死の真相に近づけるのではないか、と考える。
西村は、生活の糧を得るために鈴木の手先となって
住人たちの弱みを探っていたのか…？
そして、そのトラブルから殺害されてしまったのか…？
西村の人生をたどる天樹らは、驚がくの真相に直面する――。

検察側の証人として、法廷に立っている専従捜査班の天樹悠――。
ピエロの面を着けた犯人が男女2人を射殺、
さらにどちらの遺体にも左頬にひどい陥没骨折の跡が残るなど、
半年前にその残虐極まりない犯行で世間を震撼させた連続殺人事件で、
天樹が実況見分を行ったことから証人として召喚されたのだ。

被告人は元警察官の谷内田浩司。
自首して以降、容疑を全面的に認めているため、
極刑を望む検事・片瀬壌優勢で裁判が進むはずだったが、
天樹が突然、別の事件について語り始める。
天樹は、証人尋問の要請を受け、密かにこの事件を再捜査していたのだ――。

1週間前、白骨死体が発見され、臨場した天樹と野々村拓海。
現場には、ピエロの面と銃弾が残されていた。
法医学教授・堂本俊太郎は、左頬が陥没骨折していたため、
激しい拷問の末に射殺された可能性が高いという。
半年前に起きた2件の事件と類似点が多いことから、
専従捜査班は3件の連続殺人事件の可能性を疑い、
独断で捜査を始める。

天樹らは、拘置所の谷内田と面会。息子・康平の、
「退職して行き場を失った強い正義感から、事件を起こしたのかも…」
という言葉を伝えた際、感情的になった谷内田が叫んだ
「私の半生は過ちに塗れている」という言葉が引っかかる天樹…。

一方、捜査を続けていた拓海は天樹と片桐正敏に
、3件の事件の共通点を報告する。
被害者3人が過去にいくつものトラブルを起こしていたというのだ。
谷内田は、ゆがんだ正義感から3人を粛清したのではないか、と
拓海が勢いづく中、3件目の事件が起きた日、谷内田には
アリバイがあることが判明する。

その後、谷内田に「強い正義感」を植え付けられて育った康平が
犯行に及んだのではないかと疑い始めた拓海の調べで、
被害者3人がトラブルを起こした現場が
康平の通勤ルートと重なっていることがわかり…。
驚きの真相が明かされるその時、法廷では――？

刺殺された男性の遺体が見つかり、
天樹悠ら専従捜査班が臨場する。
被害者は暴力団の構成員・八代正で、
白い塗料で目の上に殴り書きされていた…。

法医学教授・堂本俊太郎の解剖で、
八代は睡眠導入剤で眠らされたうえで刺殺されたことが判明。
不可解なことに、目には数字《1748》が刻まれた
青いコンタクトレンズが入れられていた。
しかも、昨夜青山新に、その数字を告げる電話がかかってきていたのだ。
一方、天樹は数字が示す日付に起きた事件の資料が
「ゼロA」に入っていたことを思い出す。さらに、使用された塗料も
「ゼロA」に関連する事件と同じものだということがわかる。
事件はまだ終わっていなかったのだ――！

翌日、なんと水田環にも電話がかかってくる。
数字とともに告げられた廃墟に向かった専従捜査班は、
そこで秋山真美（という女性の刺殺体を発見。
真美は、数字《191122》が書かれた紙幣を詰め込まれた口に
白い塗料で横一文字に殴り書きされていた。
死因は睡眠導入剤を飲まされた状態での刺殺…。

「ゼロA」事件の再来に専従捜査班ががく然とする中、
過去に痴漢事件の被疑者になった中村隆弘が、
目撃証言をした八代を復しゅうのため殺害したと自供。
さらに、真美の密告で現金窃盗事件の被疑者になった山寺郁子も、
真美殺害を自供する。
いずれも、「冤罪被害者の会」からの手紙によって、
報復に及んだことがわかるが、
殺された2人は「ゼロA」絡みの事件とは無関係。
犯行に及んだ中村と郁子は、
一方的に実行犯に仕立て上げられたのだった…。

そんな中、ついに天樹にも電話が！
そして、その電話の声は「これが最後の裁きになる」と告げる。
被害者の接点を探っていた天樹は、八代と真美が高校の同級生で、
14年前に甲府市で放火事件を起こしていたことを突き止める。
さらにもう一人、宮田達彦も当時の仲間だったことがわかり、
所在確認を急ぐのだが…？

さらに、放火事件の資料を読み返した天樹と野々村拓海は、
元管理官の道上慎之助が旅行中に放火事件に遭遇し、
犯人確保に協力していたことを知る。
当時の詳しい状況を教えてもらうため、
道上のもとへ向かった天樹らは、
放火事件と同じ日に甲府市で起きた“あるできごと”が、
「ゼロA」に関連する事件の発端になっていることに気づき…。
ついに、「ゼロA」事件の真の黒幕が明らかに――！