テレビにも出演するほどの売れっ子弁護士・有田賢太郎が、
自身の不倫騒動で好奇と非難の目にさらされる中、
撲殺体となって見つかった。
奇妙なことに、遺体の周辺には破られた紙片が散乱。
貼り合わすと、不穏な一文が浮かび上がる。
それは…「もーいちど　ころす　しょーしたい」という文言だった！
警察はすぐさま、有田の家族や勤務先の法律事務所、
そして愛人だった女優・遠山夏希への聴取を開始。
だが、有力な容疑者は特定できず、時は過ぎていったのだった――。

この未解決事件の発生から5年。
警視庁捜査一課「第3強行犯捜査　殺人犯捜査」
第5係の刑事・岡部守が、
つい先日係長に昇進した桑部一郎の依頼を携え、
未解決事件の文書捜査を担当する「文書解読係」こと
「特命捜査対策室」第6係を訪問。
ある新事件の文書を解読してほしい、と頼みに来る。

被害者は建築現場の日雇い労働者・幸坂達治。
現場から逃亡した男に火をつけられたと思われる幸坂は、
指紋も取れないほど無残な焼死体で見つかった上、
彼の部屋にはなんと「もーいちど　ころす　しょーしたい」と
書かれた紙が落ちていたのだ！
話を聞いて、5年前の事件との関連性を疑う
矢代朋と鳴海理沙ら「文書解読係」の面々。
すると、いつもは「文書解読係」を見下している
「特命捜査対策室」室長・古賀清成が珍しく、直々に捜査を許可する。
なぜなら、古賀と幸坂は高校の同級生だったからだ！

古賀の許しを得た朋は、大手を振って捜査を開始。
幸坂殺害事件の発生時に「サイレントなんとか」という
“謎の叫び声”が聴こえた、との情報を入手する。
一方、5年前の事件と共通する一文を見直した理沙は
「しょーしたい」という表記が、どうも引っかかり…!?
だが、有田と幸坂の接点は一向に見つからず、捜査は難航。

そんな中、幸坂の本棚を洗い直した朋は、
意外な人物とのつながりを発見する！　と同時に、
「文書解読係」の主任・草加慎司は、
部屋の“あるもの”が気になり…。

まもなく、幸坂の従兄だという岸川登が、
わざわざ静岡から遺体を引き取るため、警視庁へ。
彼の話から、2つの事件をつなぐ“驚愕の事実”が明らかになる！
その頃、理沙は“新たな文字”に激しく反応。
“とんでもないこと”を察してしまい…!?

クセのある書風で
「藤原」と刺繍されているスーツを着た男性が、他殺体で見つかった。
刺繍の文字が気になった「特命捜査対策室」第6係の刑事・矢代朋が、
文字のエキスパートである先輩・鳴海理沙に見せると、
理沙はハッと目を見張る。その書風は、理沙も大好きな
鎌倉初期の歌人・藤原定家の筆跡を模した《定家様》だったからだ！
被害者は“ただの藤原さん”ではないとにらむ理沙。
と同時に、彼女の脳裏には“ある未解決事件”の記憶がよみがえる――。

それは今から10年前、国文学の権威である
啓星大学の教授・板橋京介が、研究室内で何者かに殺された事件。
研究室からは、古書店「大蔵堂」の店主・倉木達也が
「鑑定のため板橋に預けていた」と主張する古書が消えていたのだが、
その古書こそは藤原定家の直筆による
写本＝《定家本》の可能性がある代物だったのだ！

消えた古書がもし本物の《定家本》ならば、国宝級の大発見だ。
まるで恋でもしたかのように興奮した理沙は、
いつもなら嫌がる外回りの捜査を率先して開始。
さっそく朋と一緒に、10年前の事件で一時は疑いの目を向けられた
啓星大学の国文学教授・真田誠の自宅を訪問する。
改めて10年前のことを聞きたいと告げる朋たちに対し、
怒りをあらわにする誠の夫・真田学。
一方、誠自身は快く応対してくれるが、
有力な手がかりとなるような話は出てこず…。

その矢先、両事件の新接点が判明する。
なんと“刺繍の被害者”は8年前まで
「大蔵堂」に勤めていた藤原伸一だったのだ！
この事実をもとに「特命捜査対策室」室長・古賀清成は
“大胆な仮説”を立て、両事件を正式に関連付けて捜査することを決定。
朋も古賀の仮説には一理あると考えるが、
理沙はなぜか全否定し、自分のやり方で単独捜査すると宣言して…!?

熱心な指導で私立稜泉学園のバスケットボール部を
全国大会初出場へと導いた名物コーチ・片山彰。
そんな学園きっての英雄ともいえる片山が
全国大会の開幕前日、何者かに殺された。
だが、犯人の特定は思いのほか難航…。
事件は未解決のまま、月日は流れてしまっていた――。

あれから3年。ある日、参議院議員の公設秘書・上原望が
自宅のリビングで殺されているのが見つかる。
しかも、リビングのDVDデッキに入っていたディスクには、
非常に整った筆跡で
「稜泉学園バスケ部　木曜日」と記されていたのだ！
収録されていた映像は、例の未解決事件から3年が経ち、
再び全国大会出場の切符を手にした同校バスケ部の特集番組。
だが奇妙なことに、録画されていたのは番組の途中からで、
ディスクに残された指紋も被害者のものではなかったのだ！

2つの事件には何らかのつながりがある
そうにらんだ矢代朋ら「特命捜査対策室」第6係のメンバーは、
さっそく録画された番組の元映像を手配し、最初から見直すことに。
すると、そこに収められていた3年前の片山の指導映像に、
なぜか望の姿が映り込んでいることが判明し…!?

手がかりを求めて稜泉学園へ向かった朋は、
3年前に同校バスケ部のキャプテンだった
教育実習生・唐木田玲一が、授業で国語辞典を使った
クイズを展開している姿を目撃。
興味を示す朋に、玲一は高校時代に感銘を受けた
国語教師・藤沢さおりの授業の受け売りなのだと明かす。
密かに玲一自身の“ある行動”が気になっていた朋は、
彼が持っていた高校時代の授業ノートを借り、
文書捜査のエキスパートである鳴海理沙に見てもらうことに。
すると、理沙は“ある単語”と“出題された日付”の間に、
どうにも拭えない違和感を覚え…!?

5年前の未解決事件で何者かに殺された棋士・「居飛車のプリンス」こと
佐田貴雄の娘・彩子が、亡き父の後援会長だった
外食チェーンの経営者・山井英俊と共に、警視庁の相談窓口にやって来た。
なんでも今になって突然、佐田が殺された際に盗まれた将棋駒が
ネットオークションに出品され、1週間も経たぬうちに
出品が取り消されるという、不可解な出来事があったというのだ。
話を聞いた矢代朋ら「特命捜査対策室」第6係のメンバーは、
すぐさま事件を再捜査することに！
まずは出品された駒が本物かどうかを確かめるため、
朋ははるばる山形へと足を運ぶ。

朋が向かった先は、一番弟子・桜木歩に伝統を継承しながら、
将棋駒作りに専念する職人・桜木正村の工房。
実は、出品された駒は17年前、「毎朝杯」決勝戦で
ライバル棋士・「千駄ヶ谷の虎」こと西川悟に勝った
佐田に贈られたもので、正村の作品だったのだ。
オークションの画像を見て、自分が作った駒で間違いないという正村。
しかもよくよく話を聞くと、この対局で「二歩」を打って反則負けした西川が、
同日夜に暴力団員を殺して行方をくらます事件が
起こっていたことも明らかになる！

5年前の「居飛車のプリンス」殺害事件と、
17年前の「千駄ヶ谷の虎」が起こした殺人事件――
将棋界の頂上決戦…その勝者と敗者が絡む
2つの未解決事件の接点を求め、朋たちは捜査を続行。
まもなく、幼い頃から良きライバルとして切磋琢磨してきた佐田と西川が、
プロになってからは同じ女性に惚れてしまったことで
関係がギクシャクしていたことが判明し…。

その矢先、佐田の娘・彩子は
父に宛てられた差出人不明の手紙の束を発見する。
しかも妙なことに、どの手紙にも“謎の3文字”が記載されていて…!?
そんな中、第6係の鳴海理沙と国木田哲夫は
17年前の対局を再現。当時は見過ごされていた“ある事実”に気づき…！

閉店間際の銀行に3人組の男が押し入り、立てこもった。
しかも人質の中には、「特命捜査対策室」第6係の刑事・草加慎司の娘で、
3年前に妻と共に家を出ていった草加美里がいた上に、
なぜか犯人は「草加という刑事に電話させろ」と警察に要求してきたのだ。

そんな中、防犯カメラ映像で、
漢数字の「三」が書かれた紙を持たされる美里と、
犯人の一人の顔を確認した草加は息をのむ。
その男はある未解決事件の捜査で出会った河本直也だったからだ！

草加が担当した未解決事件とは12年前、
専門学校生・麦野奈津が帰宅途中に刺殺され、
地面にダイイングメッセージともとれる
漢数字「三」の文字が書き残されていた事件。
しかし、奈津に当時つきまとい、漢数字「三」が名前に入っていることから
真っ先に容疑がかかった大学生・三田良平のアリバイは完璧…。
奈津の父が経営する児童養護施設で育った直也から、
必ず犯人を捕まえてほしいと懇願された草加は逮捕を誓ったが、
必死の捜査もむなしく三田のアリバイは崩せず、
他に犯人も特定できず仕舞いだった――。

草加は立てこもり犯の指示に従い、すぐさま電話。
すると、直也は人質の命を盾に取り、約18時間後の翌朝10時までに
奈津を殺した犯人を捕まえるよう要求する。
自分のせいで起こった事件だと、自責の念に駆られる草加。
だが、人質の家族は捜査に直接関われないため、
自らの手で決着をつけることはできず…。

まもなく直也以外の立てこもり犯は、同じ児童養護施設で育った
高村青斗と竜崎健一で、3人とも奈津と仲が良かったことが判明する。
さらに矢代朋は、12年前の事件当日、
直也の施設卒業を祝う会のために奈津が用意した寄せ書きを入手。
そこに書かれた「麦」の文字に、
文書捜査のエキスパート・鳴海理沙は引っかかり…。

その矢先、人質の一人が持病を発症。
直也は急病人と交換する人質として、理沙を指名する！
覚悟を決めた理沙は、朋と草加に
“ある文書”にも違和感があったと告げ、銀行へ入っていくが…!?

人気イタリアンレストランのオーナー・入沢博人が
手足を縛られた状態で、新店舗の冷凍施設に閉じ込められ、
凍死した未解決事件から5年――。

成功のノウハウをまとめた自著『億りびと』を上梓したばかりの
ネット長者・西松文也が、入沢と同じように手足を縛られ、
ホテルのバスタブで溺死しているのが見つかった。
その遺体を見た「特命捜査対策室」第6係の刑事・矢代朋は、
くるぶしに彫られた奇妙な刺青に目を留める。
文書捜査のエキスパート・鳴海理沙によると、その刺青は「梵字」。
しかも、5年前の被害者・入沢の腕にも
「梵字」の刺青が彫られていたというではないか！

2つの事件にはつながりがあると直感し、捜査に乗り出そうとする朋。
その矢先、「特命捜査対策室」の室長・古賀清成を介し、
警視庁刑事部のナンバー2である参事官・小野塚吾郎から
呼び出しがかかる。なんでも、小野塚の肝いりで新設された
「捜査情報係」に所属する刑事が、
3日前から行方不明になっているため、朋に捜してほしいというのだ。
その刑事とは、朋が新人時代に世話になった富野康彦。
新人たちから「ミスターパーフェクト」と呼ばれていたエリート刑事で、
朋も慕っていた人物だった！

さっそく富野の自宅へ向かった朋は、
鍵が開いたままで、室内も荒らされていることを疑問視。
さらに、部屋の固定電話の留守録ボタンが点滅していることに気づく。
そこに残されていたのは、楽器店に勤める
富野の恋人・杉山貴子からのメッセージ！
朋はすぐさま貴子に会いに行くが、
富野と3日ほど連絡が取れないことはよくあるそうで、
貴子にも居場所などに心当たりがないという…。

一方、5年前の事件を洗い直していた
第6係の草加慎司と国木田哲夫は、入沢と西松が
かつて年配者を狙った詐欺商法でつながっていたとの情報を入手。
そんな中、事件関係者の背後に
“理沙と関わりのある超大物”の影がちらつき出し…！
やがて、朋も耳を疑う形でつながっていく
“2つの未解決事件”と“エリート刑事の逃亡劇”――。
その先には、とてつもない闇が待ち受けていて…!?

5年前の未解決事件で殺された人気イタリアンレストランの
オーナー・入沢博人と、つい先日殺されたネット長者・西松文也。
共に「梵字」の刺青を入れた被害者2人は、
かつて同じ詐欺事件で逮捕されていた。
しかも、彼らを不起訴処分へ導いた弁護士・若林守は、
行方をくらましたエリート刑事・富野康彦の捜索を
「特命捜査対策室」第6係の刑事・矢代朋に極秘依頼した
警視庁幹部・小野塚吾郎と、裏でつながっていたのだ――。
徐々に明るみになる“警察組織が絡んだ闇”…。

そんな中、富野が警視庁から持ち出した拳銃で、
「特命捜査対策室」の室長・古賀清成を撃ち、またも姿を消してしまう！
あの「ミスターパーフェクト」と呼ばれる正義漢の富野がなぜ…。
富野の行動に納得がいかない朋。
そんな中、富野が“ある重要書類”を朋に手渡してもらうため、
古賀と落ち合ったことが判明する。
その重要書類とは…小野塚が10年前、
製薬会社の経理担当・釘本洋介を無罪と知りながら、
殺人罪で送検した事件に関する、門外不出の証言記録だった！
しかし、富野はその記録を託す前に、古賀を銃撃している。
一体なぜ彼は、大切な橋渡し役となる古賀を撃ったのか――。
謎が謎を呼ぶ中、朋は富野の部屋に残っていた“謎の波線”を手がかりに、
捜査を大きく一歩進める“ある仮説”を立てる
。だがその矢先、小野塚の黒い采配によって、
朋は富野の捜索担当から外されてしまい…！

窮地に立たされながらも、
“文書捜査官”としての使命を全うすべく立ち上がる第6係の面々。
そんな中、文書捜査のエキスパート・鳴海理沙は意を決し、
若林が構える法律事務所の相談役を務める
警視庁の超大物OB・牧野孝蔵に会いに行くのだが…!?
やがて朋らは、富野の恋人・杉山貴子と
10年前の冤罪事件に“思わぬ接点”があったとの情報を入手。
さらに、新たに見つかった証拠物を目にした理沙のもとに、
“文字の神様”が降りてきて…!?