入間みちおは、東京地方裁判所第３支部第１刑事部＜通称：イチケイ＞の刑事裁判官。
元弁護士という異色の経歴を持つみちおは、
ヒゲを生やし、服装はカジュアル、とぼけた発言もしばしばという、
お堅い裁判官のイメージとはほど遠いゆるい空気をまとった男だが、
先入観に一切とらわれない自由な観察眼と、徹底的に調べ上げる探究心を持ち、
弁護士団や検察官の双方から恐れられているクセ者だ。

そんなみちおを見守っているのは、イチケイの部長で、有罪率99.9％といわれる
日本の刑事裁判において30件あまりの無罪判決に関わっている
伝説の裁判官・駒沢義男と、元傍聴マニアで、
みちおのファンを公言している裁判所書記官の石倉文太。
また、お人よしの主任書記官・川添博司、
3つ子の母でもある姉御肌の裁判所書記官・浜谷澪、
物おじしない新人の裁判所事務官・一ノ瀬糸子も、
しばしばみちおに振り回されつつ、イチケイを支えているメンバーだ。

そのイチケイに、若くして特例判事補になった
エリート・坂間千鶴が赴任することになった。
東大法学部出身の坂間は、冗談が全く通じない堅物タイプで、
裁判官が的確かつ速やかに事件を処理することで
日本の治安が維持されている、と強烈に自負している。
坂間がイチケイに異動してきた目的は、事件の処理件数が信じられないほど少なく、
会社なら倒産レベルの“赤字”状態であるイチケイを立て直すためだった。

駒沢は、さっそく坂間にみちおと組むよう指示する。
みちおを裁判長に、坂間と駒沢の3人で審議する合議制で取り組むことになった
起訴案件は、大学生の長岡誠が、代議士の江波和義に
全治１ヵ月のケガを負わせた傷害事件だった。
実は誠は、江波の秘書だった洋一郎の息子。
洋一郎は、2ヵ月前、不正献金疑惑で東京地検特捜部がマークし始めた矢先に、
電車に飛び込んで自殺を図っていた。

検察側から、みちおのお目付け役として東京地検第3支部に異動してきた
井出伊織と、上司の主任検事・城島怜治が出廷した第１回公判。
誠は江波の方から先に殴ってきたと証言し、父は自殺ではないと主張した。
するとみちおは、傷害事件のもとになった
洋一郎の死の真相を確かめる必要があるとして、
捜査権を発動し現場検証を行うと言い出して坂間や井出たちを驚かせる。

みちおたち地裁チームと、甲子園出場経験もある井出を擁する
地検チームによる、恒例の草野球試合が行われた。
坂間は、2打席連続ランニングホームランの井出を迎えた投手のみちおに対し、
敬遠すべきだと主張する。
しかし、みちおは、0.1％でも可能性があるなら勝負がしたいと言い出し……。

その夜、坂間は、最高裁判所判事で、
司法研修所時代の上席教官でもある日高から呼び出され、
あるパーティーに出席する。
そこで坂間は、最高裁事務総局の事務総長・香田健一郎を紹介される。
健一郎は、坂間が東京地裁第３支部の立て直しを任されていることを承知しており、
人事局でもみちおの存在が問題視されつつあることを彼女に告げる。
それを受けて日高は、みちおの問題行動に対して処分が必要だと判断した場合は
人事局にあげてほしい、と坂間に指示する。

そんな折、イチケイの部長・駒沢は、
合議制で扱いたい案件があるとみちおたちに告げる。
それは、１審で有罪判決が下された、
人気料理研究家・深瀬瑤子による幼児虐待事件だった。
瑤子は、当時1歳半の長女が泣き止まないことに苛立ち、
激しく揺さぶるなどしてケガを負わせたことにより、
傷害罪で2年6ヵ月の有罪判決を受けていた。
だが瑤子は判決を不服として控訴。
それを受けて高裁は、審理内容を精査し、地裁に差し戻したのだ。
しかし、実はこの案件、第１審の裁判長を健一郎の息子・隆久が務めた
“取り扱い要注意”案件で……。

「どうしたらなれるか、アインシュタインに」。
ある日みちおは、坂間たちイチケイメンバーにそう質問する。
ヒントは、裁判官にも大事なことだとみちおは言うが……。

そのとき、起訴状を読んでいた部長の駒沢は、
合議制で扱いたい案件がある、とみちおたちに告げる。
案件は重過失致死及び死体損壊の事件で、
被告人はガラス工房で働く藤代省吾、
被害者は市役所職員の野上哲司だった。

その教室には野上の14歳になる娘・碧が通っていたが、
迎えに来た碧の母で、笹原警察署の警察官でもある奈緒に
一方的に好意を抱いた藤代は、
「野上哲司は浮気している」「夫と別れなければ罰を与える」等の監視や
人格非難にあたる内容の手紙を差し出し人不明で送りつけていた。
それが藤代の仕業だと気づいた野上は、
事件当夜、藤代と工房で会い、口論からつかみ合いになったという。
藤代は工房にあった自転車に乗って逃げようとして野上と衝突。
そのまま後ろに倒れた野上は、後頭部を強く打ち命を落としたらしい。
犯行の露見を恐れた藤代は、野上の遺体を焼却炉で燃やしていた。

みちおが裁判長を務めた第1回公判、入廷してきた駒沢の姿を見た藤代は驚く。
実は駒沢は、18年前に裁判長として藤代を裁いたことがあり……。

みちおは、坂間を訪ねて裁判官官舎にやってきた彼女の妹・絵真と出会う。
絵真から、姉はどんな裁判官なのかと尋ねられたみちおは、
裁判を傍聴してみてはどうかと言い出す。

その後絵真は、みちおと一緒に、
坂間が裁判官を務めたいくつかの公判を傍聴することに。
そんな中、イチケイの部長・駒沢義男は、家庭裁判所から逆送されてきた
ある少年事件を合議制で扱いたい、とみちおたちに告げる。

被告人は17歳の望月博人。半年前に高校を中退した博人は、
レジャー施設でアルバイトスタッフとして働いていたが、
あるとき売上金5000万円を盗んで逃亡。警察に逮捕されそうになった際には、
繁華街のビルの非常階段から盗んだ現金をばらまいていた。
みちおは裁判長は坂間がいいのではないかと提案し、坂間も決意を表明する。
そして始まった第1回公判。博人は完全黙秘を貫き……。

みちおたちの元へ、あるバレエ団で起きた傷害事件の起訴状が届く。
被告人は、バレエ団代表で振付師の槇原楓。
被害者はそのバレエ団の元トレーナーの矢口雅也だった。
2人は口論からつかみ合いになり、槇原は矢口を突き飛ばした。
頭を強く打った矢口は一命を取り止めたものの、現在も意識不明の重体だった。
その起訴状を見た石倉は驚きを隠せなかった。
このバレエ団には、海外からも注目されているバレリーナ・馬場恭子が在籍していた。
実は恭子は、石倉の中学・高校時代の同級生で、初恋の相手でもあった。

坂間が裁判長を務めた第1回公判。傍聴席には恭子だけでなく、
何故か別の事件の公判を終えたばかりのみちおの姿もあった。
冒頭陳述で、検察官の井出は、トレーナーとしてバレエ団に在籍していた矢口が
複数のダンサーに対してセクハラを行い、
槇原に解雇されたことで一方的に恨みを抱いていたことなどを説明する。
すると、『みちおを見守る会』の傍聴マニアから画用紙を借りたみちおが、
「さっき、食い逃げの公判をやったんだよ。食い逃げとバレエ団、
ふたつの裁判、ひとつにくっつけたいんだよ」と書いた紙を坂間に見せる。
別々の事件であっても犯人が共通していたりする場合に
まとめて審理する「併合審理」をしたいというのだ。
坂間は、そんなみちおを退廷させるが……。

草野球の試合を終えたみちおたちは、相手の井出ら地検チームと一緒に
石倉の実家『そば処いしくら』に集まって飲んでいた。
そこに、坂間が日高を連れてやってくる。
坂間は、女性裁判官の会に出席し、日高の最高裁長官内定のお祝いをしていたという。
するとみちおは、志摩総一郎という男の名前を出し、
彼が被害に遭った窃盗事件を担当することになったと日高に告げる。
志摩は、弁護士時代のみちおが最後に担当したある事件に関係する人物だった。

みちおが裁判長を務める窃盗事件とは、前科6犯の窃盗犯・岸田が、
会計事務所所長の志摩の自宅に忍び込み、現金113万円を盗んだ事件だった。
岸田は犯行後、盗んだ自転車で逃走を図ったが、その途中で新聞配達員と
自転車同士の衝突事故を起こして顔を見られたため自首していた。

第1回公判で、岸田はエリート人生から転落して窃盗を繰り返したという
井出の言葉に反発し、泥棒がいかに魅力的な仕事であるか、
どんな金庫も開けられる優れた耳を持つ自分が
その個性を生かすためにいかに努力をしているかを力説し始める。
また岸田には、金が余っている家しか狙わず、人は絶対に傷つけない、という
ポリシーがあるらしい。

みちおは、理路整然と話す岸田が、逃走時のことなるとあいまいな話をし始めることや、
今回初めて自首してきたことが気になり、
逃走経路周辺の防犯カメラを確認することにするが……。

弁護士時代のみちおが最後に担当した12年前の東丸電機殺人事件。
東丸電機の研究部主任だった被告人の仁科壮介は、
被害者である同社の経営戦略部部長・布施元治から
研究部門の解体および製造部門への異動を命じられたことが原因で
彼と度々トラブルを起こした挙句に撲殺した罪で、無期懲役を言い渡されていた。
だが仁科は、判決後も無罪を主張し続け、獄中で命を絶ってしまう。
仁科は、事件現場から逃げていく男を目撃したと主張していた。
その男こそ、イチケイが扱った窃盗事件の被害者で、国税庁OBの志摩総一郎だった。
この窃盗事件がきっかけで、志摩が所長を務めるオメガ会計事務所が、
東丸電機を含む大手企業数社の脱税に関与していた疑いが浮上していた。

坂間は、仁科の妹・由貴を訪ね、再審請求をすれば
12年前の事件の真相を明らかに出来ると説得するが、断られてしまう。
そんな坂間と入れ違いで由貴を訪ねたのが、
みちおの元同僚でもある弁護士・青山だった。
ふたりの説得が功を奏し、再審請求を決意する由貴。
弁護人を務めることになった青山は、ただちに会見を開き、
今回の再審請求について公開での審理を求めた。

再審を認める判決を受け、次長検事の中森と検察官の小宮山は、
期限の３日以内に「即時抗告申立書」を出すよう、城島と井出に命じる。
「開かずの扉」と言われる再審請求
その扉は今回も開かないものと思われたが……。

みちおたちが所属する『イチケイ』に、
事務官から書記官になるための研修生として、前橋幸則と磯崎由衣がやってくる。
部長の駒沢は、合議制で扱う案件があるから立ち会うよう、ふたりにも指示する。

案件は傷害事件だったが、その起訴状を見た坂間と浜谷は驚く。
被告人の潮川恵子は、坂間が裁判長、浜谷が書記官を務めている
窃盗事件の被告人だった。

万引きの前科があった恵子は、
再びスーパーマーケットで万引きをして保安員に捕まっていた。
恵子の万引きを目撃し、店側に伝えたのは、山寺史絵という女性だった。
恵子には6歳になる娘がおり、商社マンの夫は海外単身赴任中。
恵子は、育児と義母の介護の疲れから軽いうつ状態で服薬していた。
そんな恵子と話した浜谷は、子どもを預ける当てがない彼女は
罪を認めて逃亡の恐れもないことから、在宅からの審理がいいのではないかと
坂間に進言したという。
ところが恵子は、その間に史絵に暴行を加え、加療約1年のケガをさせていた。

窃盗事件と傷害事件が併合されて開かれた第２回公判。
恵子は、被害者の史絵が小学校時代の恩師だったことに触れ、
4ヵ月前に万引きで逮捕されたときのことは恨んでいないと証言する。
史絵にケガをさせてしまったのは、実は彼女が万引きをしたところを目撃し、
それを止めようとした際に襲われて抵抗したからだと言うのだ。
恵子は取り調べの段階からそう主張していたが、
虚偽の発言として取り上げてもらえずにいた。

一方、検察の井出は、史絵が万引きをしたという証拠がないこと、
そして恵子から暴行を受けた後、市会議員をしている夫の信吾に電話し、
逆恨みで元教え子に襲われたと助けを求めていることを指摘するが……。

みちおや坂間たち“イチケイ”が扱うことになった
「世田谷家政婦殺人事件」が、裁判員裁判で審理されることになった。
書記官の川添を中心にさっそく裁判員の選任手続きが行われ、
その結果、塾講師の大前正一、結婚相談所勤務の落合清美、
土木作業員の田部公平、主婦の立原理沙子、証券マンの西園寺勝則、
大学生の小中渚の６名が選ばれる。
補充裁判員として選ばれたのは、派遣社員の新村早苗、
「みちおを見守る会」メンバーでもある自由業の富樫浩二だった。

事件の被告人は高見梓、被害者は桐島優香。
梓は家政婦として桐島家で働いていたが、
ある時、柵が破損していることを知りながら3階のバルコニーで優香と争い、
突き飛ばして転落させたという。
梓は、転落後もまだ息があった優香をそのまま放置。
たまたまやってきて異変に気づいた配達員が救急車を呼んだが、
優香は命を落としていた。また優香は、
梓に多額の遺産を残すことを1年前に弁護士に書面で伝えていたという。

優香の娘・希美も見守る中で行われた第1回公判で、梓は、
自分は殺していない、あれは事故だと主張。
遺産の件も知らないと証言する。
実は梓は、5年前に火災事故で夫と娘を亡くし、
譲り受けた夫の会社を売却して多額の資産を得ており……。

みちおは、弁護士時代の同僚でもある青山と、彼女の母親の多恵に会いに行く。
愛犬みちこの弟妹が生まれたからだった。
帰り道、青山は、独立して事務所を立ち上げるにあたって、
得意の企業法務だけでなく国選弁護もやっていくつもりだとみちおに告げる。
青山は、その国選弁護である案件を担当するため、
またイチケイに通うことになる、と続けた。

あくる日、駒沢は、レアケースの案件が上がってきたので合議制で審理する、と
みちおや坂間（黒木華）たちに伝える。
それは傷害事件だったが、被告人が『名無しの権兵衛』なのだという。
青山が弁護人を引き受けた案件だった。

第1回公判。どこか飄々とした雰囲気を持つ被告人は、
名前はもちろん、自らの素性を明かすことを拒む。
事件は、当時17歳だった被害者の朝倉純の胸部を工具で殴打し、
ケガをさせたというものだ。この事件の背景にあるのは、
路上生活者に対する少年たちの投石事件だった。
河川敷で路上生活者仲間とバーベキューをしていた被告人は、
被害者の純を含む5名の少年たちから石を投げつけられた。
少年たちを追いかけた被告人は、純を捕まえて注意をした。
すると、そのことに腹を立てた少年たちは再び投石行為に及び、
路上生活者のひとりにケガをさせてしまう。
純を探し出した被告人は、もみ合いになった際に
彼が持っていたスパナを奪って殴りつけたという。
純は肋骨が折れるほどの大ケガだった。
だが、みちおから、起訴事実について間違いはないか、と問われた被告人は
、間違っている、嘘だと答えた。そして、自分は嘘が嫌いだ、と言い放ち……。

裁判官であるみちおが、元同僚の弁護士・青山と癒着し、
無罪判決を出しているという告発記事が週刊誌に掲載された。

そんな折、みちおを呼び出した日高は、
「地裁の裁判官の任期は10年。任期満了後にはほとんどが再任される。
　問題のある裁判官以外は――」と告げて……。　

坂間は、日高がみちおを呼び出した理由を知ろうとした。
しかしみちおは、カレー店を開くという話だけだったと嘘をつく。
みちおの任期終了まであと3週間。
再任は、最高裁裁判官会議の指名により内閣が任命するが、
実質的にはみちおと因縁のある相手、
香田健一郎が事務総長を務める最高裁事務総局の決定によるものだった。

坂間や駒沢は、ゴシップ記事の裏で何か大きな力が働いていると考え、
みちおが職権発動している重過失致傷事件を検証し直すことに。
事件の被告人は大学生の笹岡庸介。
自転車競技部に所属する笹岡は、大会に向けて深夜に自主練習をしていた際に、
かなりのスピードを出していた上、左側通行を守らず、
旅行から自宅へ帰ろうとしていた家族連れと衝突事故を起こす。
その事故で、7歳の向井愛が意識不明の重体となっていた。
笹岡は、左側通行を守っていたが、角を曲がる際にライトで視界を遮られ、
さらに工事用のガードフェンスがあったために
右側を走るしかなかったと主張していた。だが、検察の調べによれば、
深夜に工事を行っていた記録は一切ないという。
坂間は、大きな力で真実を捻じ曲げるなら司法はそれを許さない、と言って
みちおへの協力を申し出る。みちおは、そんな坂間に
「この案件が最後になろうとも、僕はいつも通りやるよ」と返すが……。