警視庁公安部に所属する捜査官・国下一狼は、先輩捜査官・央莉音から
尾行などの手ほどきを受けながら職務に勤しんでいた。
そんな中、一狼は公安部長の田口から、
指定暴力団「峰上組」の若頭・英獅郎の監視を命じられる。
獅郎は異例のスピード出世で若頭に就任した後、政財界をはじめとした
各界の大物と関係を築いて強い影響力を持つようになっていた。
なぜ公安警察がヤクザをマークしなければならないのか？
一狼は疑問を抱くが、田口は何も答えない。

獅郎の行動を追っていた一狼は、傷だらけになった瀕死の男・白石を発見する。
意識を取り戻した白石に話を聞くと、
獅郎が経営する会員制サロンで闇の“ファイトクラブ”が行われているという。
ファイトクラブの参加者は、借金を抱えた元格闘家や喧嘩自慢の男たち。
相手選手に勝ったら、1000万円の賞金がもらえる。
白石はファイトクラブの参加者で、世界チャンピオンにもなった
元キックボクサー・佐々木と戦って負けたのだった。

一狼は、ファイトクラブの参加者になりすましてサロンに潜入。
サロン内を探っていた一狼は獅郎との接触に成功するが、
身元を偽っていることを見破られる。
問い詰められた一狼だったが白状はしない。
すると、獅郎は「ゲームをしよう」と切り出す。
一狼が試合に勝てば、何も聞かずに解放する。
しかし、負けたらどんな手段を使ってでも口を割らせる。
そんな“賭け”を一方的に決める獅郎。一狼は、
白石を打ちのめした佐々木と対戦するが…！？

央莉音の失踪事件を解明するために手を組んだ国下一狼と英獅郎。
2人は、莉音が残した手帳から手掛かりを探す。
手帳には、大須公昭総理大臣、東高茂、澤口幹彦、森川将太という
4人の政治家の名前や、大使館や諜報員を表す隠語などが書かれていた。
莉音の事件は、政治的圧力がかけられた可能性が考えられた。
一狼と獅郎は、4人の政治家の接点を調べることに。

獅郎は、一狼を行きつけのパティスリーに連れて行く。
この店のスーシェフ・葉月千夏と顔を合わせた一狼は、驚く。
千夏は、一狼の幼なじみだった。一狼と獅郎は、千夏と飲みに行くことに。
千夏は一狼との久々の再会を喜び、楽しいひと時を過ごす。
しかし2人と別れて帰宅途中の千夏を、何者かが尾行していて…。

4人の政治家について調べを進めた一狼は、ある共通点に気付く。
大須総理の息子・大須匡をはじめ、4人の子どもたちは
東永大附属中学という名門私立の同級生だった。
そのうちの1人、東高茂の娘・東幸子が入院している
精神科療養所の所在地に思い当たることがある一狼。
手帳にあった記述から、莉音は行方不明になる直前に
幸子の入院先を訪ねていた可能性があるとみられた。
一狼と獅郎は、幸子が入院する療養所に潜入する。

一狼が獅郎のマンションに転がり込み、
2人は同居しながら莉音の失踪事件を追うことに。
2人の様子は仲睦まじい同棲カップルのように見え、獅郎の舎弟たちはザワつく。
そんな中、獅郎のもとに里親からのプレゼントが届き、
獅郎の誕生日が近いことが分かる。
獅郎の誕生日は、実は一狼にとっても複雑な意味を持つ日付だった。

失踪前に莉音が追っていたのは、大須総理をはじめとした4人の政治家。
彼らはいずれも自分の子供を東永大付属中学に通わせていた。
その子供たちの1人である東幸子は20年来入院している。
幸子は、中学時代に起こった出来事が原因で心を病んでしまった可能性が高かった。
一狼は、その東永大付属中学の創立記念パーティーが開かれるという情報を入手。
幸子たち4人の関係性を探るため、協力者“Ｓ”をパーティーに潜入させる。

一方、獅郎は、大須総理と密会。
大須が握る秘密を知りたい獅郎は、彼との関係を続けていた。
情事の後、大須は息子・匡のことを話し始め…。
一狼は、Ｓが卒業生たちから聞き出した会話の録音音源を聞きながら歩く。
しかし、一狼がパーティーにＳを潜入させたことに気付いた人物が一狼を付け狙っていて…。

ある朝、一狼は、獅郎の異変に気付く。
前の晩、酔って帰ってきた獅郎はそのまま寝てしまい、
風邪を引き熱が出たようだ。一狼は、獅郎を寝かせて出かけていく。

一狼が向かった先は、田口との定期連絡で待ち合わせ場所にしている銭湯。
一狼は、田口に今まで聞けなかったことを問いただす覚悟だった。
田口は、そんな一狼の思いを察知していた。
一狼は田口に20年前の東京テトラビル爆破事件について尋ねる。
それは一狼の両親の命を奪い、莉音が失踪直前に追っていた事件でもあった。
一狼は、ビル爆破事件と莉音が失踪した
“ジョーカー事案”には関連があるのではないかと田口に迫る。
すると田口は、一狼を任務から外すと言い渡し、獅郎との関係を断つようにと命じる。

一方、熱で寝込んでいた獅郎は、舎弟の蒼井から闇サロンに呼び出される。
峰上組の組員・定岡が組で禁じられている
覚せい剤の取引に手を出したことが発覚したのだった。
獅郎は、組長には報告しないでほしいと懇願する定岡に制裁を与える。
その後、闇サロンから出た獅郎は、待ち伏せていた男たちに捕らえられてしまう。

帰宅した一狼は、獅郎がいなくなっていることに嫌な予感を覚える。
その時、一狼のもとに蒼井から、獅郎と連絡が取れなくなったと電話がかかってくる。
さらに、何者かからメールが届き、添付されたURLを開く。
すると、頭に袋をかぶせられた人物が痛めつけられる姿の映像が流れる。
袋を?ぐと、その人物は獅郎――。
動画には“RION was here too”のメッセージが添えられ、投稿者は“JOKER”。
3年前、莉音の身に起こった出来事を思わせる映像を見た一狼は、
一線を踏み越えた行動に出る。

一方、監禁された獅郎は、暴力を受け続けていた。
意識朦朧となった獅郎の前に、ある人物が現れ――！？

一狼と獅郎は、莉音と再会。3人は、獅郎のマンションで話をする。
莉音は、殉職を装って身を隠していた理由を明かす。
4年前、莉音は、ある国による諜報活動をマークしていた。
莉音は、大使館周辺で見かけた怪しい男を尾行するうち、
彼が匡と接触する現場を目撃。
しかし、上層部からはそれ以上の追及を止められ、捜査の中断を余儀なくされる。
理不尽な命令が納得できない莉音に、田口が声をかけ捜査を続けていたが、
その過程で命を脅かされ、殉職を装って身を隠していたのだった。

そんな中、田口がマンションにやってくる。
彼は一狼と獅郎に、莉音が追っていた案件と
20年前の東京テトラビル爆破事件の繋がりを語り始める。
当時、事件は野々村（眞島秀和）という無職の男が自首をしてきて解決したが、
田口はまだこの事件には裏があるのではないかと疑念を抱いていた。
莉音に声をかけた時から、田口の頭には爆破事件のことがあったという。
莉音と田口の話から、事件の背後に広がる巨大な闇の存在を知る一狼と獅郎。
一狼は、ずっと探し続けてきた莉音と3人で過ごす時間を噛みしめるが、
「お前はもうこの件から手を引け」と獅郎を突き放す。

一方、彼らをつけ狙う謎の女が動き出していて…！？

一狼、獅郎、莉音は、事件のカギを握ると思われる
4人の政治家の子息のうち、澤口が自殺したというニュースを知る。
さらに3人のもとに田口から、匡が体調不良で緊急入院したという情報が届く。
偶然とは思えないタイミングで、
20年前の東京テトラビル爆破事件に関わった2人に異変が起こった。
一狼、獅郎、莉音、田口は、澤口が諜報員とのトラブルから口封じのために殺され、
自分も殺されると恐れた匡が入院する形で身を隠したのだと察する。
澤口が殺害されたことにより、ビル爆破事件にはまだ秘密があると直感する一狼。
事件の真相につながる手掛かりを得るため、
爆破事件の犯人として拘置所に収監されている死刑囚・野々村との面会を決意する。
獅郎は、一狼が両親を殺した相手と顔を合わせた時にどうなってしまうのかと心配する。

一狼は辛い過去と向き合う覚悟をし、拘置所で野々村と対面する。
現れたのは、虚ろな目をした男。
一狼は、爆破事件についてすべてを話していないのではないかと野々村を問いただす。
しかし、野々村は何も語ろうとしない。
獅郎は、野々村から話を聞き出せなかったと話す一狼を励ます。
しかし、一狼は考え込んだままで
「やはり彼は何かを隠している」と言い残し、出かけてしまう。
獅郎は、一狼が気がかりでならない。

そんな中、政治家の子息のうち、森川と幸子も行方不明となる。
黒幕の諜報員から指令を受けたエミリが、暗躍していた。
思い悩む一狼を救いたい獅郎は、ある人物から重要な証言を引き出し――。

一狼と獅郎は、野々村を
東京テトラビル爆破事件の犯人に仕立て上げたのは誰なのか、調べ始める。
獅郎と莉音が育った児童養護施設を救うため、
峰上組配下の闇金から多額の借金をしていた野々村。
彼は闇金側から、借金を帳消しにしてその後も施設に資金援助を続ける代わり、
爆破事件の犯人として自首するよう取引を持ち掛けられたという。

一方、大須はある理髪店で、謎の男・林と会っていた。
林は大須に、一狼と獅郎を始末することを約束する。

獅郎は中村から、20年前野々村に取引を持ち掛けた人物について聞き出そうとする。
知らないと言い張る中村に獅郎は、
中村が峰上組と対立する志尾組の組長と通じている証拠を突き付ける。
中村は、当時の峰上組若頭“山田”の名前を白状する。
山田は17年前、峰上組から独立して志尾組を立ち上げた人物で、
現在は消息が分からない。
一狼と獅郎は山田と会うため、中村を使って志尾組組長・村本との接触を試みる。
中村は、中華料理店で村本と会う約束を取り付ける。
一狼と獅郎は中村のスマホを通じ、その様子を隣室でモニタリングする。

しかし、村本を待つ中村の前に現れたのは、林だった。
初対面の林の登場に戸惑う中村。一狼と獅郎も、林とは何者なのか不審に思う。
そんな中、林は唐突に、千夏の話を始める。
千夏が作るケーキを褒め、「今日で、彼女のケーキが楽しめなくなる」と告げる林。
一狼と獅郎は、千夏が狙われていることを知る。
思いがけない方向から追い込まれた一狼と獅郎は、どうするのか――！？

一狼、獅郎、莉音は、大須と山田が諜報員“Ｊ”と繋がっていると確信する。
しかしその証拠を掴み20年前の東京テトラビル爆破事件への
彼らの関与を明らかにするには、関係者の証言を得る必要があった。
そんな中、事件の手掛かりだった中村が姿を消したという知らせが届く。
そうなると、大須か匡に話を聞くしかない。

一狼は、入院中の匡に接触することを提案。
命の危険に怯える匡が明日にも転院して
居場所を変えようとしているという情報を得た一狼は、すぐ動き出そうと話す。
その時、獅郎のもとに大須から「今夜会いたい」と連絡が来る。
大須の狙いが分からずに戸惑う一狼、獅郎、莉音。獅郎は、大須に会う決意をする。
大須は獅郎を殺しにくる可能性が高い。
一狼は「危険すぎる」と止めるが、獅郎の意志は固かった。

その晩、獅郎のサロンに大須が訪れる。
獅郎のフォローのため莉音が地下駐車場で待機し、2人の会話を聴いていた。
大須は、「私に近づいた目的は何だ」と問う。
ると獅郎は拳銃を取り出し、「どうせ、俺のこと殺しに来たんでしょ？」と
大須の手に握らせ、銃口を自分の眉間に当てる。
命がけで大須と対峙する獅郎。2人の緊張は高まり…！

その頃、一狼は匡に電話で接触していた。
怯える匡に一狼は「俺が、お前を助ける」と告げ、
その代わりに隠していることすべてを話せと取引を持ち掛ける。
匡は逡巡するものの「協力はしない」と拒絶する。

翌日、匡が転院のため病院を出ようとすると、そこに、一狼が現れ――！？

一狼と獅郎が仕掛けた、事件の証言者である匡を取り込む作戦は
諜報員“Ｊ”こと林に阻止され、莉音が撃たれてしまった。
さらに獅郎が、匡を誘拐した容疑者として警察に追われるようになる。
莉音の容体も分からない不安の中、
2人はしばらくの間、郊外のラブホテルに身を隠すことに。
莉音への想いがこみ上げ、互いを支え合うように時間を過ごす2人。

林は、匡を山奥の別荘に連れて行き、閉じ込める。
匡は電話で大須に助けを求めるが、大須は匡を突き放す。
そんな中、一狼と獅郎は田口から、
行方不明だったはずの幸子が自殺を図り、病院に搬送されたことを知らされる。
幸子の父・東高茂が発見し、幸子は命を取りとめた。
東は、行方不明を装って幸子を匿っていたのだ。
匡が林の管理下に置かれている今、20年前のビル爆破事件の真相を突き止めるには、
幸子の証言が必要だった。しかし幸子は療養中で、話を聞ける状態ではない。

東が事件について何かを知っているに違いないとにらんだ田口は、
彼と会って交渉すると言う。
大須たちに田口の関与が知られ田口が狙われれば、
また事件の真相がもみ消される可能性が高まりかねない。
一狼に止められるものの、田口の決意は変わらなかった。

田口は、幸子の件で話があると言って東を呼び出す。
田口と東が会う場所で待ち構える一狼と獅郎――。
2人は、ビル爆破事件の真相に迫る手がかりをつかむことができるのか！？

一狼と獅郎は田口から、逮捕された東高茂のパソコンから
不審なメールが見つかったと知らされる。
差出人は山田で、匡と幸子をお預かりしました、お迎えは2日以内に、という内容。
それは東ではなく自分たちに宛てられたメッセージで、
2日以内に助けに来なければ匡と幸子を殺すという意味だと解釈する一狼。
一狼と獅郎をおびき出して始末するため、山田が仕掛けた罠と思われた。

匡と幸子の監禁場所を割り出すため、
獅郎は大須に会おうとするが、一狼は獅郎の身を案じて止める。
一狼と獅郎は20年前のビル爆破事件の全貌を明らかにするため、
匡と幸子の奪還作戦に臨む。
禁断のバディによる秘密捜査は、ついに黒幕との最終決戦へ――！