天才的なオペ技術を持つ帝都医大の脳外科医・藤木圭介。
前途洋々な未来が待っていたはずの藤木はその日、
同僚で恋人の研究医・八神妙子を病院の屋上から突き落として殺害したという
“無実の罪（冤罪）”を着せられ、
天才医師から一転、警察に追われる殺人犯へと転落する……。

2週間後――。妙子の殺害事件の捜査本部に一人の男が乗り込む。
妙子の兄で元自衛官の八神拓郎。刑事の筋川二平たちの制止を振り切り、
ホワイトボードに容疑者として貼られた藤木の写真を見つけた拓郎は、
妹の恋人だった藤木が犯人であることを確信。
藤木への異常なまでの復讐に燃える……。

そんな中、逃亡を続ける藤木は、『鳴海健介』と名乗り、ある人物に会いに行くため、
海洋観測船・第一海風丸にアルバイトとして搭乗しようとしていた。
先輩観測員・沢井美香子は､初めての後輩である藤木の指導に張り切る中、
その手がツルツルであることに気づき、どんな仕事をしてきたのかと興味を持つが……。

その頃――。拓郎は、ある策略を巡らして筋川の弱みを握ると、
藤木を追うための捜査情報を自分に横流しするよう迫っていた……！
一方、船上では、指名手配犯のポスターを目にした美香子が、
『鳴海健介』の正体が恋人殺しの容疑者・藤木圭介であることに気づく……！

着々と藤木に近づく捜査網！　そんな中、船上でまさかの大事故が発生し、
美香子が利き腕を失うかもしれない大怪我を負う！
逃げるのか、助けるのか？
追っ手が迫る中、藤木は手術道具の少ない過酷な状況下で、
自分にしか助けられない患者を前に、医師としての選択を迫られる……！

さらに、藤木の無実を信じる後輩医師・長谷川輝彦、
不審な行動を取る妙子の親友・烏丸京子、
そして、バイオベンチャー企業の天才研究者・佐々木世志郎と、
事件を巡って藤木の周囲の人間関係が不穏な渦を巻き始める……。

逃亡中の雪山で滑落した藤木。
地元の少年・健太に発見された藤木は、
山麓の喫茶店店主・香川の車に乗せられ、病院へと運ばれる。
身元がバレることを恐れ、診察を拒む藤木の前に現れたのは、
なんとギプスをした美香子！
藤木の冤罪を信じる美香子は、藤木が持っていた地図の情報を頼りに、
力になりたいと駆けつけたのだ……。
2人が駆け落ちだと早とちりした香川は喫茶店の２階を仮住まいとして提供する。

健太のオペを終え、逃亡を続ける藤木。
湯田中の街では、拓郎が筋川と共に藤木の行方を嗅ぎ回っていた。
そんな中、香川の店に残された美香子の元に藤木から連絡が入る。
指定された路線バスで藤木と落ち合った美香子は、藤木にスマホを調達。
藤木は、事件のカギを握る都波教授が店に現れたら、
自分に連絡して欲しいと告げると、再び美香子の前から姿を消す……。

しかし、美香子が香川の店に戻ると、そこにはなぜか藤木の姿が！
美香子から店のまかない弁当を渡されていた藤木は、
店の名物のはずのハンバーグ弁当の味に違和感を感じて店に戻って来たと話す。
耳が聴こえづらそうにしていた香川の様子が気になっていた藤木は、
香川が味覚障害と聴覚障害を同時に引き起こしていることを疑い、
何かが神経を圧迫しているのではないかと心配していた。
藤木の予想通り、脳腫瘍の一種である
聴神経腫瘍を患っていたことを隠していた香川は、
料理人として味覚障害が治らないことを恐れて、
これ以上の治療を拒否していた……。

その頃、拓郎は筋川の元に入った目撃情報をもとに倉庫へ。
しかしそこで、筋川が予想外の行動に出る……！
一方、妙子の部屋から『F』と書かれた謎のカセットテープを手に入れた烏丸は、
テープを再生してみるが……。

翌朝、冷静になった香川は手術を受ける決心をする。実はその翌日は、
離婚した妻・晴枝との間の絶縁状態の娘・空見子の結婚式がある日。
ホテルの厨房で働く知り合いづてにそのことを知った香川は、
娘の結婚式で料理を作ることさえできれば悔いはないと、
結婚式の後に手術を受けることを決めたのだった。
香川から晴枝たちとの間をとりもって欲しいと頼まれた藤木は、
美香子と共に晴枝のもとへ。

一方、香川の店には藤木の行方を追って、警察が聞き込みに訪れる。
ついに藤木の正体を知る香川。
再び藤木に追っ手が迫る中、香川の病状も急激に悪化していく……。
藤木は香川に、娘への料理を、
そして親が子供を想う心を届けさせることができるのか……?!

藤木の頭を川に突っ込み、妙子殺しの自白を迫る拓郎！
ある医者ならではの“裏技”を使い、命からがら拓郎の元から逃げ出した藤木だが、
スマホの入った上着を拓郎に剥ぎ取られてしまう……。

一方、藤木を追う警察の捜査本部では、
結婚式場から藤木を連れ出した拓郎の映像から、
藤木に“協力者”がいるという間違った推理が立てられていた……。

そんな中、手に入れた藤木のスマホを手掛かりに、拓郎が美香子の元に現れる。
藤木の無実を信じる恋人の兄を装い、美香子の警戒心を解く拓郎。
拓郎が藤木を装って送ったメールを信じた美香子は、すっかり拓郎を信用する。

その頃、後輩の長谷川から都波教授が東京に戻るという情報を得た藤木は、
駐車場に停まっていた業務用トラックの荷台に忍び込み、
東京を目指そうとしていた。
しかし、乗り込んだ車の荷台に乗っていたのは、母犬と6匹の子犬たち！
犬たちの対応に苦戦しながらも車に揺られる藤木だが、
車を運転していた男・間宮と昌明に、荷台に隠れていたのがバレてしまう！
藤木は子犬を人質に取ったフリをして東京に向かうよう2人を脅迫！
母犬・ジェシカと子犬たちを飼い主の元に届ける途中だったと説明する昌明は
、藤木が犬と接する何気無い態度から、藤木のことを信頼できる人物だと思うが……。

一方、拓郎は美香子を連れて都波のアパートへ。
部屋から出てきた都波にいきなり裏拳を食らわすと気絶させる！
豹変した拓郎に驚く美香子だが、おかまいなしの拓郎は、
都波をある場所へと運ぶ……。

そんな中、藤木を乗せた車は、警察の検問にぶち当たっていた！
怪しまれないように行動するよう指示する藤木。
しかし、間宮たちはなぜか藤木以上に動揺する。
実は2人は、藤木も予想していなかった“訳あり”人物だった……！
容赦なく藤木たちの乗る荷台を確認しようとする警察官……。
今度こそ絶体絶命のピンチが藤木に迫る。
そして、再び藤木に医手一律の精神を奮い立たせる事件が起きる！

犬のジェシカの命を救った後、警察の追跡を逃れて八王子にたどり着いた藤木。
彼は、長谷川に連絡して2日後に都波教授が参加するシンポジウムが
帝都医大で開かれると聞き、シンポジウムへ行く決意をする。
2日後まで身を隠す場所を探していた藤木は、廃墟となった団地を見つける。
藤木は、団地の一角でひそかに営業する外国人向けの食料品店で食料を買う。
団地の敷地内にある公園のベンチで眠ってしまった藤木。
すると、食料品店から後をつけてきた女性・チュンヤンが藤木のカバンを盗もうとする！
藤木が目を覚まし、逃げるチュンヤン。
藤木は、彼女の足にチアノーゼが出ていることに気付く。
血管か循環器系の疾患を疑って藤木が診察しようとするものの、チュンヤンは逃亡。
チュンヤンを追いかけた藤木は、彼女の仲間の外国人たちに囲まれる……。

リーダー格のモーはチュンヤンを守るため、
これ以上事を荒立てないようにと藤木に告げる。
藤木と外国人たちの間に緊迫感が高まる中、チュンヤンが倒れてしまう！
藤木は、チュンヤンを診察。
藤木がチアノーゼになる原因となる疾患はないかと尋ねると、
チュンヤンは心当たりがないと答える。
藤木から病院に行くことを勧められても、一同は拒否。モーたちは、不法滞在者だった。
藤木は、無実の罪で警察に追われていることを伝える。
藤木が一緒にいると自分たちも捕まってしまうと恐れるモーたち。
藤木は、彼らの過酷な身の上を知る……。

一方、拓郎は美香子とともに、筋川と都波教授の行方を追う。
筋川と都波教授は、拓郎を襲った雀荘の店員・吉見と前田に拉致されていた。
吉見は拓郎に、筋川たちの身柄と引き換えに金を要求する。
拓郎は後輩の自衛官・今野を呼び出し、筋川と都波教授の救出を手伝わせることに。
美香子は、藤木の携帯電話が拓郎の手元にあるとは知らず、
状況を知らせるメールを送り続ける。拓郎は美香子と今野を連れて、
筋川と都波教授が拉致されている場所に突入し……！
藤木は、モーたちのために尽力する。そんな中、烏丸が藤木の前に現れる！

シンポジウム当日。チュンヤンのことが気になりながら、
都波教授に会うべく帝都医大へ向かう藤木。
その途中、藤木はチュンヤンが再び倒れたと知らされ……!?

「困った時は都波さんとあわせて…」という
妙子の言葉に従って都波に会いに行った藤木。
しかし、美香子と都波が拓郎と共に行動していることを知り、
一旦モーたちが暮らす廃団地に戻ることに。
その頃廃団地では、別棟に住む日本人ホームレス
ノムさん、ネクタイたちによる外国人労働者への嫌がらせが激化していた。

一方、藤木は妙子が烏丸に託したという謎のカセットテープのある部分が気になり、
機械に詳しいモーに相談する。廃団地に現れた烏丸にも
カセットテープについて質問を投げかけるが、答えは出なかった。
自分は味方だという烏丸にとりあえずうなずく藤木。
その様子を見た烏丸は自分が疑われていることを察する。

そんな烏丸を美香子、都波と共に尾行してきた拓郎は、
廃団地を正面突破しようとするが、外国人労働者たちによって拘束される。
美香子が藤木に情報を流していたのだ。
探していた都波とようやく出会えた藤木。
そして事件の真実を突き止めるために拓郎の協力を求める。

そんな中、モーたち外国人労働者たちに日本人ホームレスたちが襲いかかる。
そこで藤木は、外国人労働者を守ろうとした拓郎が怪我を隠していることを見抜く……！
果たして藤木は、自らを執拗に追い詰めてきた拓郎を救うのか！？
究極の選択を迫られる――。
そしてついに、妙子が遺したカセットテープの謎が明らかになり
藤木たちの運命を大きく左右することになる……!!

藤木が身を隠していた廃団地で、
モーたち外国人労働者とホームレスの日本人たちが騒ぎを起こした。
通報を受け現場に駆けつけた警察官をホームレスたちはなだめようとするが、
血の気の多い外国人労働者たちが応戦してしまい、警察官は応援を要請。
藤木と拓郎は、外国人労働者たちやホームレスを連れて
団地から脱出する手段について考えを巡らせる。

しかし、自分だけ助かろうと我を失ったホームレスのノムさんが藤木を突き飛ばし、
藤木のお腹に鉄筋が突き刺さってしまった！
]パトカーが廃団地を取り囲む中、自らの負った傷を手術することになる藤木。
拓郎は刑事の筋川から警察を刺激しない時間稼ぎの方法を聞き出す。
拓郎からの提案で立てこもり犯を演じることになる美香子。
そんな中藤木は、鏡などその場にあるものを駆使して、
痛みと戦いながら鉄筋を引き抜く手術を開始する。

一方、都波を襲撃して、事件の鍵を握る研究データ「DDSη」を手に入れた幹は、
昏睡状態の妙子を焼却処分しようとするが、そのデータは不完全だったことが判明。
烏丸は、怒りに震える佐々木にあるアイデアを提案する。
そんな中、廃団地を抜け出した都波と合流した長谷川は、
研究データを巡って都波に迫り…！？

自衛隊時代の後輩・今野を呼び出し、廃団地から脱出する方法を探る拓郎。
警察官の突入まで残り10分を切り、状況の厳しさを察知したモーは
自分たちを置いて逃げるよう申し出るが、藤木は全員で脱出すると主張する。
しかし、警察に阻まれた藤木たちを助けるために、
ホームレスとモーたち外国人労働者らは自らがおとりとなって警察に向かう……！

仲間の犠牲を伴う中、藤木は無事に団地を脱出して、
都波と再会することができるのか……!?

都波の死に大きな衝撃を受けた藤木は、筋川の自宅で妙子の遺骨と対面。
拓郎と美香子は藤木を心配するが、立ち止まっている暇はないと行動を開始する。

佐々木との接点となる長谷川から情報を探ろうと、
彼の妻・浩子に会いに行ったものの、妊娠中の彼女に何も言い出せない藤木と拓郎。
一方、都波が自分のデータについて言い遺した
「マメノサカ」について調べていた美香子は、それが古書店の名前だと突き止める。
古書店で都波が取り置きしていた本から、
「DDSη(イータ）」の研究データと研究日誌を手に入れる藤木たち。
カセットテープに妙子が残したデータの復元に成功し、
「DDSη」のデータは完全なものになった。

同じ頃、長谷川は佐々木と手を切る道を模索していたが、
難病に侵された浩子を救うためには佐々木の協力が不可欠だと問い詰められ、
それ以上踏み込むことはできない。
研究日誌を読んでいた美香子から、
「DDSη」を実際に投与された“被験者”がいた可能性を指摘され、
自分が一昨年に手術を受けたことを思い出す藤木。
その時に「DDSη」が投与されていたと仮定し、データを完全にするためには
藤木本人の身体を検証する必要があると佐々木に思い込ませることができれば、
彼の陰謀を暴くことができるかもしれない。

佐々木に接近するために長谷川に会いに行く藤木と拓郎。
しかし「DDSη」のデータを長谷川に奪われてしまう。
3人はもみ合いになるが、その最中、浩子が倒れた！
逮捕される危険を犯して浩子を救うか、それとも……。
藤木は究極の選択を迫られることになる……!!

妙子が生きている……。
烏丸の言葉に、藤木と拓郎、そして美香子は激しく動揺する。
しかも、妙子が開発した「DDSn」と、佐々木が開発した新薬「ガイスト」を併用しなければ、
脳に損傷を受けた妙子を救うことはできないという。
そして、死の危険を伴う副作用を持つ「ガイスト」の臨床試験を巡って、
佐々木と妙子が対立していたことを聞かされる。

藤木は長谷川を筋川のアパートに呼び出し、皆んなで妙子奪還作戦を練る。
そして藤木は、妙子を佐々木から奪い返すために、
正面突破で佐々木に会いに行くことを決意。
死の危険がある副作用を持つ「ガイスト」を、
無毒化する方法に気付いたと佐々木に揺さぶりをかけ、
「ガイスト」の提供を交渉する。
一世一代の勝負で交渉を持ちかけた藤木に佐々木は
「バイオネオ」の中で妙子の治療を行うという条件で「ガイスト」の提供を認める。
その会話をきっかけに、藤木は「ガイスト」を無毒化する方法に、本当に気付くのだが……。
その方法が佐々木にバレてしまったら、妙子も藤木も“処分”されてしまう！
果たして藤木たちは、妙子を救い出すことができるのか！？

治療を終えた妙子を「バイオネオ」から奪還した藤木たち。
いまだ妙子の意識が戻らない中、
佐々木は藤木たちを捕まえようと血眼になっていた。

一方、藤木たちに、筋川から長谷川が留置所で殺されたと連絡が入る。
筋川と共に長谷川の妻・浩子に会いに行った美香子は、
長谷川が遺したUSBを発見。
烏丸は、その中のデータが佐々木の秘密裏に行った
違法な臨床試験に関係あると推理する。

そんな中、ついに妙子が目覚めた……！
言葉にならない気持ちを共有し合う藤木と拓郎。
そして、佐々木は留置所内の長谷川を殺したことで
警察や政府の協力者たちに見放され、
逆に逃亡せざるを得ない状況となっていた。
佐々木は幹に、「DDSn」と「ガイスト」、
そして藤木の血液サンプルを守るよう言い渡す。

一連の事件について説明するべく、
警察に出頭する覚悟を固めた藤木だったが、そこに佐々木から連絡が入る。
ついに、追い詰められた佐々木との最終対決。
逃亡の果てに掴んだ、驚愕の真実とは！？