監察官とは“警察の中の警察”という異名を持つ、
警察内部のあらゆる不正を取り締まる者たちのこと。
警視庁警務部長の千住遼子の指示のもと、身内を厳しく監察する音無一六は、
職務を忠実に全うするがゆえ、特に嫌われている監察官だ。
現在は、まったく見た目が似ていないタクシー運転手の弟・万丈二六と同居している。
ある夜、玩具コレクターの射殺体が見つかり、
その捜査本部に一六は「特別監査」として加わったのだが…。

現職警察官の野中が転落死する。
事件現場から立ち去る高岡という男を二六が目撃。
高岡は事件の直前、二宮が経営する居酒屋を訪れていた。
高岡は10年前に起きたストーカー殺人事件の
被害者・麻衣の恋人だったと明かす。
それは音無一六が捜査一課を辞め、
監察官の道を選んだ因縁の事件だった。
そして野中には麻衣の被害届を隠蔽した過去があり…。

音無一六の弟・万丈二六が別れた元妻で弁護士の京山夏月に再会。
先月起きたレストランのホールスタッフが殺された事件で、
夏月は同店の料理長・立脇修武の弁護を担当していた。
立脇は一貫して無罪を主張し夏月から警察の冤罪を指摘される。
警務部長・千住遼子から特別監察を命じられた一六は、
事件に裏があると気づく。さらに二六は夏月と立脇の関係に嫉妬し……!?　

半グレ集団ガルサ連盟のメンバー椎名知則が遺体で見つかる。
椎名は連盟の現金を持ち逃げしようとした疑いがあった。
ガルサ連盟のリーダー武居竜也が逮捕されるが、黙秘を続ける。

そんな折、事件を担当する三条渚が
「捜査情報を外部に漏らしている」という告発メールが届く。
三条と音無一六は旧知の仲。
千住遼子の指示で一六は四堂厘太郎と三条の特別監察に向かう……。

工事現場から木下拓造の遺体が見つかる。
武蔵多摩署は木下が支援していた
花屋のオーナー・三好麻耶を重要参考人として聴取。
その直後、ネットタレント「ファンキー刑事」として人気の
川上圭太が警察の捜査を糾弾し、警察に批判が集まる。
川上は元刑事で、8年前音無一六が監察処分した人物だった。
川上がどこから捜査情報を得たのか、
千住遼子の指示で一六は武蔵多摩署の特別監察に向かう……。　

現職の警察官・井出友孝が車で練炭自殺を図り、
同期で捜査一課の勝野正己が遺体を発見。
井出には経費1000万を着服した疑惑がかけられていた。

刑事部長の七尾政和はこれを監察に報告せず、
内々に処理しようとしていたことが発覚。
溝呂木三花からこの話を聞いた音無一六は事実を明らかにするため、
特別監査を開始するが、そんな一六を内部告発する声が……!?

亡くなった仲間の意志を継ぐ勝野正己を助けるため、
音無一六を証拠隠匿で内部告発した四堂厘太郎。
一六は警察庁特別調査室の元木秀章らに身柄を拘束されてしまう。

しかし厘太郎は千住遼子や溝呂木三花から
「一六は勝野を真の黒幕から守るため、監察下の名目で保護しようとしていた」
と聞かされ後悔。一六の潔白を証明するため仲間と共に再捜査を開始する！