警視庁捜査一課の刑事・天草那月と、
四鬼神流古武術の師範にして殺人犯を見抜く眼を持つ高校生・四鬼夕也は
新聞記者の山田忠文が刺殺された事件を捜査することになる。
犯人は無事に逮捕されたものの、
被害者に対する殺意はなかったと供述するのに違和感を覚える那月。
「殺意なき惨殺か…。」
その事件は失踪中の元公安第四課の刑事で、那月の父親である天草恒河が、
かつて追っていた事件と酷似していたことを知る。

そして、事件現場で那月と夕也の前に現れた探偵・八雲穂積は、
四鬼神流の傍流“裏四鬼神流”に伝わる「闇の眼」に関係していた。
夕也から奥伝書を預かった那月は、八雲の正体にたどり着くが―。
国家を揺るがす本格クライムサスペンスが幕をあける―。

「闇の眼」に操られて殺人を犯した丸岡隆が、
人質を取ってビルに立てこもるという事件が発生。
那月は刑事部長の神原勇作率いる「特命捜査チーム」に加わり、
“殺意なき惨殺”を連続殺人とみなし関連性を追う。
そんな中、夕也のもとに八雲から着信が入り……。

一方、殺害された山田から封書を託された後輩記者・高牧絵梨佳は、
山田殺害の真相、そして読み取ることができないQRコードの謎に迫るため、
恒河との接触を試みるが、八雲に先回りされ…。
危険が迫る高牧の行方を追っていた那月は、持ち前の洞察力を駆使して、
同僚の大久保征二とともに彼女を保護することに成功する。
その後、「特命捜査チーム」内で恒河が高牧に託した
QRコードを読み取ろうとするものの、またも読み取ることができず……。

八雲の策略に陥り、逃亡を余儀なくされる恒河。
高牧と大久保を殺害した被疑者として、恒河は警察に追われる身となるが、
恒河の犯行だと信じられない那月は、いつもの冷静さを欠いてしまう。
そんな那月を見兼ねた鷲巣潔は、
恒河が失踪する直前に託された“ある想い”を那月に伝える。
一方、暗躍する八雲によって、夕也に最大の危機が迫る―。
四鬼神流の“表”と“裏”を統一し、世界に大きな影響力を持つことをもくろむ八雲は、
夕也に「手を組もう」と誘いをかけるが、
夕也はあくまで“人”として正しく生きる道を選ぶと断言。
そこにタキ（から連絡を受けて駆け付けた那月は八雲に銃を構えるが、
夕也を人質に取られてしまう。
しかし、その場に恒河も現われ、やむを得ず八雲は逃走を図る。
八雲を追う中、「この一連の事件には“黒幕”が存在する」と
那月に示唆する恒河だったが―。

八雲の「闇の眼」によって、恒河の命を奪ってしまった竜崎美都刑事。
最愛の父を失ったものの、相棒として竜崎の心を救おうとする那月は、
事件の黒幕を必ず突き止めると誓う。
今までの“殺意なき惨殺事件”を再捜査する那月と鷲巣は、被害者たちが、
様々な形でバラバラにガーランド米国務副長官の来日に関係していたことに気付く。

一方、夕也は風鬼・弓月兵馬（松井玲奈）と会い、八雲のアジトを問い詰める。
そんな中、最後の標的を狙う八雲の前に、思いもよらぬ人物が立ちはだかるー。