警視庁音楽隊カラーガードの雨野小夢は、
ある日突然「全領域異常解決室」、通称「全決（ゼンケツ）」への出向を命じられる。
神社の社務所のような外観の本部へ行くと、中には室長代理の興玉雅がいた。
興玉いわく、「全決」とは大和朝廷時代からある世界最古の捜査機関で、
超常現象のような“不可解な事件”を捜査する内閣官房直轄の機関だという。
小夢はそんな機関が実在することに驚き、
自分がなぜこんな所に配属されたのか不思議に思う。

興玉は、現在捜査している「神隠し事件」について小夢に説明する。
最初の事件は半年ほど前に起こった。
現場に残されていたのは服と持ち物、そして大量の血液。
遺体は見つからず、まるで人間の身体だけが消えてしまったようだ。
その後、ネット上に「これは『神隠し』である」
「私は神の一柱、ヒルコである」という犯行声明が出た。
その後も同じような事件が相次ぎ、ヒルコはその度に声明を発表。
人々は徐々にヒルコの存在を信じ、恐れ、中には崇める者もいた。

興玉と小夢は「全決」の局長・宇喜之民生に指示され、
合同捜査に参加するため、警視庁捜査一課へ赴く。
捜査一課に到着すると、
そこには警部の荒波健吾、二宮のの子、北野天馬（たちが捜査資料を見ていた。
荒波は興玉たちに怪訝な表情を浮かべながらも、
重要人物として捜査している松宮瑠偉について説明する。
松宮は元々、メン地下アイドルグループに所属していたが、
解散した後はファンの女性とデートをするなどして稼いでいた。
今まで起きた８件の神隠し事件のうち、彼は直近の３件で第一発見者になっており、
３人全員が松宮とデートを重ねる熱狂的なファンだった。
しかし松宮は犯行時刻にシェアオフィスで働いており、
その姿が防犯カメラにも映っていたためアリバイがある。
その最初の事件のあと、松宮は「ヒルコが見える」と話すようになり、
SNSで大きな話題に。

その後もSNSや動画サイトでヒルコへの注意を呼びかけ、
今では登録者数800万人以上という人気チャンネルになっていた。
松宮は「ヒルコが近づくと空間が歪んで見える」という。
犯行現場近くの防犯カメラには、
崩れたモザイクのような人間の影が移動する様子が映っていた。
しかし興玉は、この犯人は、
「ヒルコではなくシャドーマン（光る人型UMA）かもしれませんね」と言い放ち…。

果たして、これは本当に神・ヒルコの仕業なのか？
それともシャドーマンなのか？
興玉たちが導き出す答えとは―！？

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松宮瑠偉/吉村界人

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松宮ひより/志田未来

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駿河美鶴/工藤美桜

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落合健太郎/米村亮太朗

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名門進学校として知られる葛乃葉女子高等学校で、集団失神が相次いでいた。
１ヶ月ほど前から生徒の授業中の居眠りが急激に増え、
今や教師も含め７割の生徒たちが失神を経験しているという。
今回も謎の神ヒルコを名乗る人物から犯行声明が出され、
「全決」の興玉雅と雨野小夢は究明に向けて調査を始める。
学校に赴いた二人は、校長から３年生で生徒会長をしている剣持日向を紹介される。
その様子を怪しげな生物教師・山杉幹夫が遠くから見つめていて…。

興玉は学校の裏庭に多数の花が手向けられているのを発見する。
２ヶ月前に、当時の生徒会長・白石一香が飛び降りていたのだ。
白石と剣持は生徒会長と副会長で、さらに同じ生物部の親友だったという。
興玉が自殺の原因を尋ねるが、剣持は言葉を濁す。
さらに、１ヶ月ほど前には「イケメン先生」と呼ばれ
大人気だった歴史教師・池神春来も失踪していた。

学校の周辺を探索していた興玉は、
敷地の一画にあったはずの祠がなくなっていることに気づき、
なぜ解体したのか聞いてみると、「ボロボロだったので生物部で解体した」と話す剣持。
祠の残骸を見た興玉は、「これが祟りの正体です」とつぶやく。
そして翌日、興玉は全校生徒の前で事件の原因は「キツネツキ」だと話す。
その内容に、教師や生徒の間に動揺が広がり…。

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山杉幹夫/林泰文

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剣持日向/清乃あさ姫

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阿部校長/黒沢あすか

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池神春来/中尾暢樹

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白石一香/井上音生

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都内の高層マンションの庭園に、空から物体が落ちてくるという怪事件が起きた。
その中には何者かの左足と小型機の一部も含まれていた。
「全決」の興玉雅は、これは「タイムホール」…
過去や未来と繋がる異次元媒介装置によるものかもしれないと話す。
そして、今回もヒルコから犯行声明が出され、
興玉と雨野小夢は事件の究明に乗り出す。

DNA鑑定の結果、発見された左足は研究者・真鍋哲のものだった。
真鍋は重力理論の世界的権威で、タイムホール研究の第一人者だった。
しかし、４年前、小型機での移動中に機体ごと失踪していた…。
警視庁の荒波健吾らは落とした可能性のあるマンション高層階の住戸を
くまなく調べたが、事件に繋がるものは何も見つからなかった。

興玉は、ある騒動について話をする。
4年前、真鍋と主任研究員・常見真紀は、
タイムホールに繋がる時空制御に成功したと発表。
だが一ヶ月後、常見がデータを捏造していたことが発覚し、真鍋は常見を解雇。
タイムホールの研究も打ち切った。常見はそのまま姿を消し、
真鍋の小型機が失踪したのはその１カ月後だった…。
興玉と小夢は、真鍋らがいた研究室へ赴く。
現在の室長・片桐凛太朗らに話を聞いていると、
そこに常見から電話がかかってきて…。

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常見真紀/山口紗弥加

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片桐凛太朗/森下能幸

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真鍋哲/神保悟志

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古庄時実/山田キヌヲ

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東京・大手町のビジネス街で、4件の飛び降り自殺が連続して起こった。
今回もヒルコから犯行声明が出され、その内容は
「堕落したビジネスマンたちへの天罰として
《縊鬼》という妖怪に憑りつかせて自殺に追い込んだ」というものだった。

縊鬼は古来より、憑りついた人間の精神をむしばみ
自殺に追い込むと恐れられてきた妖怪だ。
死亡した4人はいずれも国家的なビジネスに関わっており、
内閣では連続殺害テロである可能性が高いと判断。
内閣官房国家安全担当審議官の直毘吉道自ら、
「全決」の興玉雅たちに事件の解決を依頼する。

4人目の自殺者・香取吉信の妻・柘植朝日は元モデルで、
今はテレビのコメンテーターとしても活躍。
入籍はしていないが、同じフロアでそれぞれ会社を経営しており、
SNSでの仲むつまじくおしゃれな生活ぶりは憧れの的となっていた。

興玉と雨野小夢は高層ビルの防犯カメラを確認した後、柘植に話を聞く。
すると柘植は、「亡くなる数日前、『縊鬼に会ってしまった』と言っていた」と明かす。
その後、他の遺族も相次いで同じような証言が出てきて…。
連続自殺は、本当に妖怪の仕業なのか―！？

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柘植朝日/橋本マナミ

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香取吉信/吉田宗洋

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直毘吉道/柿澤勇人

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東京のあちこちで爆破予告が相次ぎ、ヒルコから犯行声明が出された。
これまでの４件は全て爆発の１時間前にマスコミに向けて予告があり、
そのすぐ後に警察に爆発物の場所を伝える電話があったため、
未遂に終わっていた。

「全決」と警察による捜査会議では、現場の映像を確認すると、
全ての場所に謎の女性・豊玉妃花が現れていた。
雨野小夢らは彼女がヒルコではないかと推測。
一方、興玉雅はマスコミに予告している人間と
警察に通報している人間は別だと話す。

そんな時、新たな爆破予告が届く。
今回は爆破まで30分の猶予しかない。
すぐに爆破場所を伝える電話が警察に入り、一同は現場へと向かう。
その頃、現場では人々の避難が始まっていた。
そこに薬剤師・生嶋未智がやってきて…。

未智は爆発物が入ったカバンを見つけるが、
逃げ遅れた子どもを助けようとして、爆風に巻き込まれ病院へと搬送される。
病院では、幸い命に別条はなかった未智の取り調べが行われていた。
現場から5キロほど離れた薬局で働いていた未智は、
爆破予告のニュースを見た直後に薬局を飛び出し、
公衆電話からどこかへ電話をかけていた。
なぜ爆弾の位置が分かったのかと問われた未智は
「私には《千里眼》の能力がある」と話す。
そして、そこに未智の娘で小学１年生の未琴（諸林めい）もやってきて…。

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生嶋未智/星野真里

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生嶋未琴/諸林めい

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三木本峻/菅原卓磨

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興玉雅から、神について話を聞く雨野小夢。
予知能力を持つ小学生・生嶋未琴は市寸島比売命という神だった。
他にも「この世界にはたくさんの神が
人間とともに暮らしている」と聞かされる小夢。
人知を超えた能力を持つ神が起こした不可思議な事件を
丸く収めて解決に導くのが「全決」の役割だったのだ。
そして今、「全決」は謎の神「ヒルコ」との戦争状態にあり、
反乱を止めるため正体を暴こうとしていることを知った小夢は、
強い使命感を覚える。

そんな時、美容系の有名インフルエンサーばかりが
連続して亡くなる奇妙な事件が発生。
今回もヒルコから「犬神の呪い」が原因であるという犯行声明が出される。
被害者たちはいずれも過食により気道が塞がって窒息死しており、
部屋からはピンク色のサプリメントが見つかっていた。

今回の事件には「犬神筋」が関わっているかもしれないと話す興玉。
犬神とは憑りつかれると心身を喪失し、
大食いになってしまう犬の霊で、それを呪術で操る家系があるという。
興玉は、ヒルコの仲間に犬神筋の人間がいる可能性を考える。
警部の荒波健吾たちから情報を得て捜査資料を見た興玉は、
被害者たちが通っていた美容整形外科医・大隈邦男の写真に目を止める…。

　　　

雨野小夢は、自分が天宇受売命という神だと気づく。
それを聞いて黙り込む興玉雅ら「全決」のメンバーたち…。
そして、話は４カ月前にヒルコによって消された
料理研究家の大月比呂佳の「神隠し事件」にさかのぼる。
彼女は糧食を司る大宜津比売神で、全決で頻繁に食事をふるまっていた。
謎の神「ヒルコ」に仲間を消された全決メンバーは、
必ずヒルコの正体を暴くと決意を新たにする。

神隠し事件の最初の被害者と2人目の被害者には交流があり、
その後の2人目と3人目の被害者にも
個別に親交があったことに気付いた興玉たちは、
「ヒルコは神隠しをする前に、知り合いの神を聞き出しているのかもしれない」と
仮説を立てる。大月と親しくしていた人物へ会いに行くことに。

また、ヒルコの正体は神ではなく、人間ではないかという推測もする。
飛鳥時代、厳しい修行の果てに、神としての記憶を消す
「事戸渡し」を習得した人間がいたという。
それは日本最古の呪術者とも、
山岳信仰である修験道の開祖ともいわれる「役小角」だ。
役小角が今の時代にも生きていて、
ヒルコとして名乗っているのではないかと考えるが…。
そんな時、ヒルコから「芹田正彦に天罰を下した」という
犯行声明が届いていた。

　　　

ヒルコによる神隠し事件が解決しないまま、
今度は東京で4件の連続餓死殺人事件が起こる。
普通の生活を送っていた人が、たった一晩で餓死してしまうという不可解な事件だ。
ヒルコからは「修理固成が終わろうとしている。
この世は間もなく生まれ変わる」という声明が出る。

興玉雅、雨野小夢、荒波健吾らが状況を確認すると、
餓死した４人に接点はなかったが、４人とも腕時計の時間がなぜか狂っていた。
さらに現場付近の防犯カメラには同じ女性の姿が映っていた。
興玉は、これは≪ヒダル≫の仕業かもしれないと話す。
ヒダルとは悪霊の一種で、
とり憑かれると空腹感や疲労を覚え、死んでしまうこともあるという。

警察が去った後、興玉と宇喜之民生は、
防犯カメラに映っていた女性は月読命、佃未世かもしれないと話す。
彼女は月の光の下で時間を操ることができ、人間を餓死させることもできるという。
犯行が行われたのは全て月が出ている夜だった。

一方、過食窒息事件で大隈美容クリニックから押収した
人魚のミイラが１体、盗まれていることが判明。
警察内部の者が盗んだ可能性が高く、荒波らは捜査員らの聞き込みを行っていた。
「全決」を疑う荒波は、直毘吉道から情報を聞き出そうとするが…。

　　　

荒波健吾は、直毘吉道からの情報により
興玉雅とヒルコの関係に不信感を抱き、興玉に事情を聴く。
そんな中、興玉は警察の資料から月読命・佃未世が何者かに
「天石戸別神は興玉雅」とメッセージを送っていたことを知る。

その後、全決に戻った興玉だったが、突然の襲撃に遭い、ペンで刺される。
それは、神器・天之加久矢の矢尻で
雨野小夢が仕留められた時にも使われた特別なものだった。
傷口からの出血が止まらず、徐々に弱っていく興玉。
その時、豊玉妃花、芹田正彦、村主虎飛矢がやって来て…。

出血が止まらない興玉は、全決メンバーに
自らが≪天石戸別神≫であることを打ち明ける。驚く一同。
天石戸別神が生き残るためには一度、興玉としての人生を終わらせ、
再度神の魂が生まれ変わるのが最善の策だが、
興玉が死ねばヒルコは「小夢を殺す」という。
興玉を助けるため、小夢は芹田とともにある場所へと向かう。

　　　

謎の神・ヒルコによる「選別」が始まった。
寿正が開発したSNSを見続けた人間は、次々と命を絶つ。
街中で自殺者が続出し、東京は一夜にして大混乱に陥る。
政府は「全決」がヒルコと深い関係にあると断定。
直毘吉道は、「全決に強制捜査が入った」と語る。
荒波健吾や北野天馬ら警察は集団自殺の捜査に当たるが、
あまりの事態に途方に暮れる。
その中に、二宮のの子の姿はなく…。

一方、興玉雅、芹田正彦、豊玉妃花の3人は
激しい戦闘の末、寿に捕らえられていた。
寿は、「私はヒルコ様に最初に選ばれた人間です」と
ヒルコと出会った経緯について話し始める。

果たして、ヒルコの正体とは…！？
記憶を消された雨野小夢は再び神として戻れるのか？
「全領域異常解決室」率いる
八百万の神 vs 謎の神・ヒルコの最終決戦が幕を開ける―！