2017年。
灰川十三の屋敷で、地下室に閉じ込められ餓死した13人の子供の遺体が見つかった。
灰川は、過去に子どもたち19人を誘拐し、一緒に暮らしていたことが判明する。
事件の被害者である13人を除き、生き残ったのは
刑事の冴木仁の弟・瀧本蒼佑、蓮水花音ら6人。
所在がつかめていない神代健流以外の全員が、灰川の犯行を否定した。
ところが、容疑者である灰川は後日、あっさり身柄を確保されることに。
その手には現場に残された特徴的な六角形のマークが描かれてあり……！？

そんな中、何者かによって、花音が階段から突き落とされてしまう。
病院に駆けつけた冴木に、花音は
「私を突き落とした犯人は、灰川邸事件の犯人です」と伝える。
そして、“新犯人”を見つけるべく、捜査を続けてほしいと願い出る。

7年後の2024年。行方不明となった家出少女・美来を捜す記者の森燈子は、
灰川邸事件の現場に残された“リッカ”のマークについて、冴木に問いかけていた。
美来にも同じマークのタトゥーがあったことを明かした森は、
「本当にあの事件は、もう終わったんですか？」と問いかけて――。